Peristiwa ini diawali setelah sebelumnya ada informasi dari seorang informan (''cuak'') kepada anggota TNI bahwa pada tahun [[2001-]]–[[2002]], Desa Jambo Keupok termasuk salah satu daerah basis [[Gerakan Aceh Merdeka]] (GAM). Informasi tersebut kemudian ditindaklanjuti oleh aparat keamanan dengan melakukan razia dan menyisir kampung-kampung yang berada di Kecamatan Bakongan. <ref>{{Cite web|url=https://mediaindonesia.com/read/detail/65899-komnas-ham-pembunuhan-massal-terjadi-di-jambo-keupok|title=Komnas HAM: Pembunuhan Massal Terjadi di Jambo Keupok|last=developer|first=mediaindonesia com|date=2016-09-07|website=mediaindonesia.com|language=id|access-date=2020-05-03}}</ref>
Dalam operasinya, aparat keamanan sering melakukan tindak kekerasan terhadap penduduk sipil; seperti penangkapan, penghilangan orang secara paksa, penyiksaan dan perampasan harta benda. Puncaknya adalah ketika pada [[17 Mei]] [[2003]], sekitar pukul 7 pagi, sebanyak 3 (tiga) truk reo berisikan ratusan pasukan berseragam militer dengan memakai topi baja, sepatu lars, membawa senjata laras panjang dan beberapa pucuk senapan mesin mendatangi desa Jambo Keupok dan memaksa seluruh pemilik rumah untuk keluar. Lelaki, perempuan, tua, muda, dan anak-anak semua disuruh keluar dan dikumpukan didepan rumah seorang warga.<ref>{{Cite web|url=https://acehkita.com/napak-tilas-lokasi-pembantaian-jambo-keupok/|title=Napak Tilas Lokasi Pembantaian Jambo Keupok|date=2016-05-17|website=ACEHKITA.COM|language=en-US|access-date=2020-05-03}}</ref>
Para pelaku yang diduga merupakan anggota TNI Para Komando (PARAKO) dan Satuan Gabungan Intelijen (SGI) menginterogasi warga satu persatu untuk menanyakan keberadaan orang-orang GAM yang mereka cari. Ketika warga menjawab tidak tahu, pelaku langsung memukul dan menendang warga. Peristiwa tersebut mengakibatkan 4 warga sipil mati dengan cara disiksa dan ditembak, 12 warga sipil mati dengan cara disiksa, ditembak, dan dibakar hidup-hidup, 3 rumah warga dibakar, 1 orang perempuan terluka dan pingsan terkena serpihan senjata, 4 orang perempuan ditendang dan dipopor dengan senjata. Peristiwa ini juga membuat warga harus mengungsi selama 44 hari ke sebuah MesjidMasjid karena takut anggota TNI akan kembali datang ke desa Jambo Keupok.<ref>{{Cite web|url=https://rmol.id/read/2016/09/05/259500/|title=Natalius Pigai: Ada Bukti Permulaan Yang Jadi Dasar Penetapan Tragedi Jambo Keupok Sebagai Pelanggaran HAM Berat|website=Rmol.id|language=id|access-date=2020-05-03}}</ref>
Setelah 10 tahun sudahsesudah peristiwa tersebut, warga Jambo KepuokKeupok tidak memperoleh keadilan dari negara. Bahkan mereka hingga saat ini masih mengalami trauma. Banyak anak-anak korban yang tidak mampu melanjutkan pendidikan karena tidak memiliki biaya (berhenti pada [[SD]], [[SLTP]] dan [[SLTA]]). Sementara, proses hukum terhadap para pelaku belum juga dilakukan.<ref>{{Cite web|url=https://www.merdeka.com/peristiwa/mengenang-tragedi-jambo-keupok-10-tahun-tanpa-keadilan.html|title=Mengenang tragedi Jambo Keupok: 10 Tahun tanpa keadilan|website=merdeka.com|language=en|access-date=2020-05-03}}</ref><ref>{{Cite web|url=https://www.cnnindonesia.com/nasional/20160314155319-12-117304/berkas-kasus-jambo-keupok-aceh-diserahkan-ke-kejaksaan-agung|title=Berkas Kasus Jambo Keupok Aceh Diserahkan ke Kejaksaan Agung|last=Armenia|first=Resty|website=nasional|language=id-ID|access-date=2020-05-03}}</ref><ref>{{Cite web|url=https://nasional.okezone.com/read/2016/09/07/337/1483771/komnas-ham-tragedi-jambo-keupok-harus-dibawa-ke-pengadilan-ham|title=Komnas HAM: Tragedi Jambo Keupok Harus Dibawa ke Pengadilan HAM : Okezone Nasional|last=Okezone|first=|date=2016-09-07|website=|language=id-ID|access-date=2020-05-03}}</ref>
