Karena merupakan mahkamah gerejawi, Inkuisisi tidak berwenang mengadili [[Moor|orang Moro]] dan [[orang Yahudi]].<ref>{{cite web|url=http://www.ignatiusinsight.com/features2005/mconnell_spaninqu_dec05.asp|title=The Spanish Inquisition: Fact Versus Fiction|author=Marvin R. O'Connell|website=Ignatiusinsight.com|access-date=13 Oktober 2017}}</ref> Pada umumnya Inkuisisi hanya menangani perilaku bidat para pemeluk atau orang-orang yang baru memeluk agama Kristen Katolik.<ref>Salomon, H. P. dan Sassoon, I. S. D., dalam Saraiva, Antonio Jose. ''The Marrano Factory. The Portuguese Inquisition and Its New Christians, 1536–1765'' (Brill, 2001), Introduction hlm. XXX.</ref>
Hampir semua hukuman yang dijatuhkan Inkuisisi adalah laku silih, misalnya mengenakan pakaian berjahitkan tanda salib, berziarah, dan lain-lain.<ref name="Burr">{{cite web|url=http://legacy.fordham.edu/halsall/source/inquisition1.asp|title=Internet History Sourcebooks Project|website=legacy.fordham.edu|access-date=13 Oktober 2017|archive-url=https://web.archive.org/web/20160320121109/http://legacy.fordham.edu/halsall/source/inquisition1.asp|archive-date=20 Maret 2016|url-status=dead}}</ref> Apabila terdakwa terbukti menganut ajaran sesat tanpa merasa bersalah, majelis inkuisitor berkewajiban hukum menyerahkan yang bersangkutan kepada pengadilan negeri untuk dipidana. Pengadilan negeri selanjutnya menentukan sanksi pidana berdasarkanmenurut hukum negarayang berlaku di negeri setempat.<ref>"Apabila mendapati seseorang terbukti menganut ajaran sesat dan enggan memungkiri kesesatannya, atau kembali kepada kesesatan, para inkuisitor harus menyerahkannya ke "tangan dunia", yakni kepada pihak berwenang sekuler, untuk dijatuhi ''animadversio debita'', yakni hukuman yang sudah ditetapkan di dalam undang-undang negara setempat, biasanya hukuman bakar hidup-hidup." (Peters, Edwards. "Inquisition", hlm. 67.)</ref><ref>{{cite book|last=Lea|first=Henry Charles|title=A History of the Inquisition In The Middle Ages|access-date=07 Oktober 2009 |volume=1|chapter=Bab VII. The Inquisition Founded|chapter-url=http://bulfinch.englishatheist.org/mm/inquisition/Chapter7.htm|quote=Para ahli bidat yang tegar tengkuk, yang enggan memungkiri kesesatan dan kembali ke pangkuan Gereja dengan laku silih yang setimpal, dan orang-orang yang sudah memungkiri tetapi kemudian kembali kepada kesesatan, harus diserahkan sepenuhnya ke tangan dunia untuk dijatuhi hukuman yang setimpal.|isbn=1-152-29621-3}}</ref> Undang-undang mencakup larangan-larangan terhadap tindak pidana keagamaan (bidat dan sebagainya) dengan ancaman [[eksekusi pembakaran|bakar hidup-hidup]] sebagai salah satu bentuk hukuman, kendati hukuman yang biasa dijatuhkan adalah pidana buang atau pidana kurungan seumur hidup, yang biasanya diringankan dengan pengurangan masa hukuman sesudah beberapa tahun dijalani. Oleh karena itu para inkuisitor pada umumnya mengetahui nasib seperti apa yang kelak menimpa para terdakwa yang sedang ditahan.<ref>{{cite book|last=Kirsch|first=Jonathan|title=The Grand Inquisitors Manual: A History of Terror in the Name of God|date=9 September 2008|publisher=HarperOne|isbn=978-0-06-081699-5|url-access=registration|url=https://archive.org/details/grandinquisi_kirs_2008_000_8670472}}</ref>
''[[Directorium Inquisitorum]]'' (buku panduan pokok inkuisitor) edisi 1578 menjabarkan tujuan pemidanaan sebagai berikut:
