Sean Lennon dilahirkan di [[New York City]] pada 9 Oktober 1975, ulang tahun ayahnya yang ke-35. [[JohnJulian Lennon]] dan Kyoko Chan Cox adalah saudara-saudaranya. Setelah Sean lahir, dia diasuh oleh ayahnya sampai ayahnya dibunuh pada 1980. Sean disekolahkan di sekolah asrama [[Institut Le Rosey]] di Rolle, Switzerland setelah sebelumnya di [[Ethical Culture Fieldston School]] dan [[Dalton School]]. Dia kemudian masuk ke[[Columbia University]], meskipun hanya selama tiga semester sebelum ia keluar untuk fokus pada karier musiknya.