Sebelum tenggelam, KRI Nanggala menjalani serangkaian latihan di perairan utara Bali. Ahli Kelautan dan Perikanan dari Pemerintah Provinsi Bali, I Ketut Sudiarta, menjelaskan bahwa Laut Bali bagian utara ini merupakan "cekungan" yang memiliki kedalaman rata-rata 700-1300 meter dan dapat mencapai kedalaman hingga 1,000 meter atau lebih. Laut ini memiliki karakteristik curam dengan arus laut yang kuat dan turbulen. Terdapat pula patahan aktif yang memanjang hingga utara Pulau Flores.<ref>{{Cite web|last=Arif|first=Ahmad|date=2021-04-27|title=The Final Resting Place of KRI Nanggala|url=https://www.kompas.id/baca/english/2021/04/27/the-final-resting-place-of-kri-nanggala/|website=kompas.id|access-date=2021-06-10}}</ref>
Menanggapi hal ini, Zeng Wei Jian, politisi [[Partai Gerakan Indonesia Raya|Partai Gerindra]], mendesak Kepala Staf Angkatan Laut untuk menjelaskan alasan dipilihnya Laut Bali bagian utara sebagai tempat latihan KRI Nanggala. Ia beranggapan bahwa wilayah tersebut termasuk sebagai "zona berbahaya" dan bukan tempat yang tepat untuk melakukan latihan.<ref name="auto4">{{Cite web|last=Kalbar|first=PT Suara Khatulistiwa|title=Zeng Wei Jian: Kapal Selam Nangggal 402 Latihan di Lokasi Berbahaya|url=https://www.suarapemredkalbar.com/read/nasional/27042021/zeng-wei-jian-kapal-selam-nangggal-402-latihan-di-lokasi-berbahaya|access-date=2021-06-10|website=Suarapemredkalbar.com|language=id}}</ref> Zeng Wei Jian juga mengutip pernyataan Sudiarta yang menyatakan bahwa latihan kapal selam biasanya hanya dilakukan antara [[Kabupaten Situbondo|Situbondo]], Jawa Timur hingga [[Singaraja]], Bali.<ref name="auto5">{{Cite web|last=Jian|first=Zeng Wei|title=KSAL Harus Jawab|url=https://www.katta.id/news/2021/04/27/8949/ksal-harus-jawab|website=katta.id|language=en|access-date=2021-06-10}}</ref>
