=== Maluku Utara ===
#* Cagar Alam LIFAMATOLA; Halmahera Tengah, Maluku Utara, 16.690,53 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 285/Kpts-II/1995, 6 Juli 1995.
#* Cagar Alam PULAU OBI; Halmahera Selatan, Maluku Utara, 1.250,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 685/ Kpts-II/1995, 5 Oktober 1995.
#* [[Cagar Alam Pulau Seho]]
* [[Cagar Alam Gunung Sibela]]
# Cagar Alam GUNUNG SIBELA; Halmahera Selatan, Maluku Utara, 23.024,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 326/Kpts-II/1987, 15 Oktober 1987.
#* Cagar Alam TALIABU; Kepulauan Sula, Maluku Utara, 9.743,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 684/Kpts-II/1995, 5 Oktober 1995.
=== Papua ===
* [[Cagar Alam Pegunungan Arfak]]
# Cagar Alam PEGUNUNGAN ARFAK; Jayapura, Papua, 68.325,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 514/Kpts-II/1995, 26 September 1995.
* Cagar Alam Biak Utara
# Cagar Alam BIAK UTARA; Biak, Papua, 6.138,04 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 731/Kpts-II/1996, 25 November 1996.
* Cagar Alam Danau Bian
# Cagar Alam DANAU BIAN; Merauke, Papua, 69.390,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 119/Kpts-II/1990, 19 Maret 1990.
* [[Cagar Alam Bupul]]
# Cagar Alam BUPUL; Merauke, Papua, 92.704,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 891/Kpts-II/1999, 14 Oktober 1999
* Cagar Alam Pegunungan Cyclops
# Cagar Alam PEGUNUNGAN CYCLOPS; Jayapura, Papua, 22.500,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 365/Kpts-II/1987, 18 November 1987.
* [[Cagar Alam Enarotali]]
# Cagar Alam ENAROTALI; Nabire, Papua, 300.000,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 84/ Kpts/Um/2/80, 11 Februari 1980.
* Cagar Alam Nabire
# Cagar Alam NABIRE; Nabire, Papua, 100,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 21/Kpts/Um/1980, 12 Januari 1980.
* Cagar Alam Pulau Pombo
# Cagar Alam PULAU POMBO; Merauke, Papua, 100,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 820/Kpts/Um/11/82, 10 November 1982.
* [[Cagar Alam Pulau Supiori]]
# Cagar Alam PULAU SUPIORI; Biak, Papua, 41.990,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 26/Kpts-II/1988, 11 Januari 1988.
* Cagar Alam Tamrau Selatan
# Cagar Alam TAMRAU SELATAN; Nabire, Papua, 350.000,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 891/Kpts-II/1999, 14 Oktober 1999
* [[Cagar Alam Pegunungan Wayland]]
# Cagar Alam PEGUNUNGAN WAYLAND; Nabire, Papua, 223.000,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 891/Kpts-II/1999, 14 Oktober 1999.
* [[Cagar Alam Yapen Tengah]]
# Cagar Alam YAPEN TENGAH; Kepulauan Yapen, Papua, 119.140,75 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 26/Kpts-II/1999, 12 Oktober 1999.
=== Papua Barat ===
* Cagar Alam Batanta Barat
# Cagar Alam Batanta ATANTA BARAT; Sorong, Papua Barat, 16.749,08 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 568/ Kpts-II/1991, 24 Agustus 1991.
* Cagar Alam Teluk Bintuni
# Cagar Alam TELUK BINTUNI; Manokwari, Papua Barat, 124.850,90 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 891/Kpts-II/1999, 14 Oktober 1999
* Cagar Alam Pegunungan Fakfak
# Cagar Alam PEGUNUNGAN FAKFAK; Fakfak, Papua Barat, 34.391,10 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 650/Kpts-II/1999, 19 Agustus 1999
* Cagar Alam Pulau Kofiau
# Cagar Alam PULAU KOFIAU; Sorong, Papua Barat, 7.747,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 819/Kpts-II/1999, 14 Oktober 1999.
* Cagar Alam Pegunungan Kumawa
# Cagar Alam PEGUNUNGAN KUMAWA; Fakfak, Papua Barat, 97.089,38 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 891/Kpts-II/1999, 14 Oktober 1999
* Cagar Alam Misool Selatan
# Cagar Alam MISOOL SELATAN; Sorong, Papua Barat, 84.000,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 761/Kpts/Um/10/82, 10 Desember 1982.
* [[Cagar Alam Salawati Utara]]
# Cagar Alam SALAWATI UTARA; Sorong, Papua Barat, 57.000,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 014/ Kpts/Um/1/82, 4 Januari 1982.
*Cagar Alam Laut Sansafor
# Teluk Cagar Alam Laut SANSAFOR; Manokwari, Papua Barat, 62.660,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan RI Nomor: 891/Kpts-II/1999, 14 Oktober 1999.
* Cagar Alam Tamrau Utara
# Cagar Alam TAMRAU UTARA; Sorong, Papua Barat, 368.365,00 ha, Keputusan Menteri Pertanian RI Nomor: 820/Kpts/Um/11/82, 10 November 1982.
* [[Cagar Alam Pulau Waigeo Barat]]
# Cagar Alam PULAU WAIGEO BARAT; Sorong, Papua Barat, 95.200,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 731/Kpts-II/1996, 25 November 1996.
* Cagar Alam Pulau Waigeo Timur
# Cagar Alam PULAU WAIGEO TIMUR; Sorong, Papua Barat, 119.500,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 251/Kpts-II/1996, 3 Juni 1996.
* [[Cagar Alam Pegunungan Wondi Boy]]
# Cagar Alam WONDI BOY; Manokwari, Papua Barat, 73.022,00 ha, Keputusan Menteri Kehutanan RI Nomor: 595/Kpts-II/1992, 6 Juni 1992.
=== ReferensiPranala luar ===
* https://www.merdeka.com/peristiwa/kelestarian-ujung-barat-pulau-nusakambangan-terancam-lahan-perkebunan.html
* http://www.menlh.go.id {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20180505173837/http://www.menlh.go.id/ |date=2018-05-05 }}
|