Setelah berganti kepengurusan Ketua umum [[PSSI]] dari Nurdin Halid ke Djohar Arifin Husin dimulai era kompetisi baru. Dalam pembentukan IPL, banyakbeberapa masalah yang terjadi karena aturan-aturan yang ditetapkan oleh [[PSSI]]. Pembentukan IPL mendapat tekanan dari 12 klub sepak bola atau kelompok 14 karena kompetisi berjumlah 24 klub dan 6 klub di antaranya langsung menjadi klub IPL. Namun, PSSI meyakinkan bahwa untuk memenuhi standar kompetisi profesional AFC, klasemen musim sebelumnya (musim [[2010]]/[[2011]]) dihapuskan. Sebagai gantinya, yang dilihat adalah poin tertinggi dalam verifikasi tentang profesionalisme klub Indonesia. Akan tetapi, dengan adanya IPL, Indonesia terhindar dari sanksi AFC.<ref name="bola.vivanews.com"/>
=== Konflik PSSI dengan Pemerintah, Pembekuan PSSI dan Sanksi FIFA ===