Sejak pengoperasian jalur ganda Yogyakarta–Solo ruas Srowot–Ketandan per 2001 dan selesai di ruas Brambanan–Delanggu pada 15 Desember 2003, stasiun ini memiliki lima jalur kereta api dengan jalur 2 dan 3 merupakan sepur lurus serta jalur 5 sebagaimerupakan jalur parkir [[Kereta api barang|KA barang]].<ref>{{Cite web|title=Uji Coba Rel Ganda Yogya-Solo Bikin Bikers Senewen|url=https://news.detik.com/berita/d-728295/uji-coba-rel-ganda-yogya-solo-bikin-bikers-senewen|website=detiknews|access-date=2019-07-08}}</ref><ref>{{Cite web|date=2003-12-15|title=Rel Ganda Yogyakarta-Solo Diresmikan|url=https://nasional.tempo.co/read/35479/rel-ganda-yogyakarta-solo-diresmikan|website=Tempo|language=en|access-date=2019-07-08}}</ref> Bangunan lama stasiun tetap dipertahankan. Peron Stasiun Ceper dibuat tinggi.<ref>{{Cite web|last=Syauqi|first=Achmad|title=Pembangunan Peron Baru KRL di Stasiun Ceper Klaten Dikebut|url=https://finance.detik.com/foto-bisnis/d-5300637/pembangunan-peron-baru-krl-di-stasiun-ceper-klaten-dikebut|website=detikfinance|language=id-ID|access-date=2021-09-26}}</ref>
Untuk mendukung pengoperasian [[jalur ganda]], sistem persinyalan mekanik di stasiun ini diganti dengan sistem persinyalan elektrik buatan [[Len Industri|PT Len Industri]] (Persero) yang sudah dipasang sejak tahun 2013 dan kemudian mulai dioperasikan pada 12 Februari 2019.<ref>{{cite web|last=Mohamad|first=Ardyan|date=21 Juni 2013|title=Kalahkan Siemens, BUMN Elektronik Raup Pendapatan Rp23 Triliun|url=https://www.merdeka.com/uang/kalahkan-siemens-bumn-elektronik-raup-pendapatan-rp-23-triliun.html|publisher=Merdeka.com|accessdate=5 Oktober 2017|quote=Saat ini, masih ada pesanan proyek dari Kemenhub untuk menggarap persinyalan kereta di jalur Jogja-Solo, Duri-Tangerang, dan Parung-Maja.}}</ref><ref>{{Cite web|title=Len Tandatangani Dua Kontrak dengan Nilai Total Rp 464 Milyar {{!}} PT Len Industri (Persero)|url=https://www.len.co.id/len-tandatangani-dua-kontrak-dengan-nilai-total-rp-464-milyar/|language=en-US|access-date=2019-02-12}}</ref>
Baris 74:
=== Penumpang ===
==== KAI Commuter Yogyakarta-Solo ====
* {{rint|yogyakarta|red}} [[Lin Yogyakarta (KRL Commuter Line)|Lin Yogyakarta]], tujuan [[Stasiun Yogyakarta|Yogyakarta]] dan [[Stasiun Solo Balapan|Solo Balapan]]
=== Barang ===
* Angkutan Pupuk Indonesia, tujuan [[Stasiun Cilacap|Cilacap]]
== Jadwal kereta api ==
Berikut ini adalah jadwal kereta api penumpang yang berhenti di Stasiun Ceper '''per 10 Februari 2021 (sesuai Gapeka 2021).'''
{| class="wikitable"
|+'''{{rint|yogyakarta|red}}''' '''[[KRL Commuter Line Solo–Yogyakarta|Yogyakarta Line]]'''
!'''No. KA'''
!'''Tiba'''
!'''Berangkat'''
! rowspan="12" |
!'''No. KA'''
!'''Tiba'''
!'''Berangkat'''
|-
! colspan="3" |'''Tujuan [[Stasiun Yogyakarta|Yogyakarta]]'''
! colspan="3" |'''Tujuan [[Stasiun Solo Balapan|Solo Balapan]]'''
