Pada 1937, K.H. Entol Mohamad Yasin wafat. Jabatan ''bestuurpresident'' diserahkan kepada wakilnya, K.H. Abdul Mu'ti sampai pada muktamar ketiga yang dilangsungkan pada 1939. Muktamar ketiga tersebut menghasilkan [[Uwes Abubakar|K.H. Uwes Abubakar]] sebagai ''bestuurpresident'' MA.<ref name="r1"/>
===
=== Sebagai organisasi massa ===
Mathla'ul Anwar menjadi bagian dari [[Nahdlatul Ulama]] sejak 1928, dua tahun setelah pembentukan NU. [[KH Mas Abdurrahman|K.H. Mas Abdurrahman]] sendiri merupakan salah satu pendiri NU. Bergabungnya MA ke NU menjadikan sebagian pengurus NU di [[Banten]] diisi oleh para ulama MA. [[Uwes Abubakar|K.H. Uwes Abubakar]] yang menjabat sebagai Ketua MA sejak 1939 juga merangkap jabatan sebagai Ketua NU Pandeglang. Ketika NU bergabung ke Masyumi pada 1943, tokoh-tokoh MA juga aktif berpolitik di [[Masyumi]].<ref name="r2">{{Cite book|first1=Zainal|last1=Muttaqin|first2=Elly|last2=Nurlia|date=2016|title=Nalar Politik Aswaja: Telaah atas Pemikiran Politik KH Uwes Abubakar (1912-1973)|location=Jakarta|publisher=Pengurus Besar Mathla'ul Anwar}}</ref><ref name="r3">{{cite web|url=https://www.nu.or.id/post/read/112830/sejarah-berdirinya-mathla-ul-anwar-linahdlatil-ulama-di-banten|title=Sejarah Berdirinya Mathla’ul Anwar Linahdlatil Ulama di Banten|website=NU Online|date=29 Oktober 2019|access-date=11 November 2021}}</ref>
Pada 1952, muktamar NU di [[Palembang]] menghasilkan keputusan untuk membuat partai politik terpisah dari Masyumi. K.H. Uwes Abubakar tidak menerima hasil musyawarah tersebut dan memutuskan untuk memisahkan MA dari NU. Sikap K.H. Uwes Abubakar tersebut mendapat pertentangan dari sebagian ulama yang ingin MA tetap berada di NU, kemudian dikenal sebagai Mathla'ul Anwar Li Nahdlatil Ulama (MALNU). Perpecahan ini memuncak pada Muktamar VIII Mathla'ul Anwar di [[Ciampea]] pada tahun yang sama, ketika kubu K.H. Uwes Abubakar meresmikan Mathla'ul Anwar sebagai organisasi massa terpisah dari Nahdlatul Ulama.<ref name="r1"/><ref name="r3"/>
Mathla'ul Anwar menjadi basis utama Masyumi di [[Banten]] pada [[Pemilu 1955]]. K.H. Uwes Abubakar terpilih sebagai anggota [[DPR]] mewakili Masyumi pada 1956-1959. Setelah Masyumi dibubarkan pada 1960, pilihan politik MA beralih ke [[Parmusi]].<ref name="r2"/>
