Sejak mahasiswa Kiyai Cholil Nafis telah dikenal sebagai aktivis mahasiswa. Saat ini menjabat sebagai Ketua Bidang Dakwah dan Ukhwah Majelis Ulama Indonesia Pusat (2021-2026), Musytasyar PW NU Jawa baratBarat (2021-2026), Ra'is Syuriah PBNU (2022-2017), Ia juga pernah menjabat sebagai Ketua Umum [[Pergerakan Mahasiswa Islam Indonesia|Pergerakan Mahasiswa Islam Indonesia (PMII)]] Cabang Jakarta Pusat (1997-1998), Wakil Ketua [[Komite Nasional Pemuda Indonesia|Komite Nasional Pemuda Indonesia (KNPI)]] Dewan Pengurus Daerah Daerah Khusus Ibu Kota Jakarta (2002-2005), Dewan Pimpinan [[Majelis Ulama Indonesia]] (MUI) Daerah Khusus Ibu Kota Jakarta (2002-2005), Sekretaris Lembaga Bahtsul Masail Pengurus Besar [[Nahdlatul Ulama]] (LBM PBNU) (1999-2004) dan Sekretaris MUI Jakarta (2005-2010).
Selain itu, ia juga pernah menjadi Wakil Ketua LBM PBNU (2005-2015), Ketua Komisi Dakwah dan Pengembangan Masyarakat MUI Pusat (2015-2020) dan Anggota Dewan Syariah Nasional (DSN-MUI) (2015-2020).
