Keberadaan Mapala Meratus berawal dari ide dan keinginan mahasiswa Fakultas Dakwah IAIN Antasari Banjarmasin (sekarang UIN Antasari Banjarmasin) untuk membentuk wadah berkumpulnya dan untuk menyalurkan minat serta bakat mahasiswa dalam bidang pecinta alam, pelestarian lingkungan hidup dan kegiatan alam bebas.
Bersama dengan mahasiswa dari fakultas lainnya (Tarbiyah, Syariah dan Ushuluddin) mengambil kesepakatan untuk mengajukan sebagai salah satu lembaga yang berada di Kampus Hijau tersebut.
Dalam berjalannya waktu dan proses pengajuannya, Mapala Meratus resmi disahkan oleh Rektor IAIN Antasari Banjarmasin dan ditetapkan tanggal 1 Mei 1993 sebagai hari jadi organisasi.