[[Peron]] stasiun ini berbentuk [[peron pulau|pulau]]. Awalnya stasiun ini memiliki empat jalur kereta api dengan jalur 4 eksisting merupakan sepur lurus dan jalur 1-3 eksisting yang terpisah di sisi timur laut stasiun. Setelah [[jalur ganda]] segmen stasiun ini hingga [[Stasiun Gubug]] resmi dioperasikan pada akhir28 Agustus 2013<ref>{{Cite web|url=https://bisnis.tempo.co/read/508105/rel-ganda-alastua-gubug-siap-dilalui|title=Rel Ganda Alastua-Gubug Siap Dilalui|last=Faisol|first=Edi|date=2013-08-28|website=Tempo.co|access-date=2020-04-11}}</ref> dan kemudian petak stasiun ini hingga Stasiun Semarang Tawang pada awal5 Desember 2013,<ref>{{Cite web|url=https://jateng.tribunnews.com/2013/12/05/jalur-rel-ganda-alastuwo-tawang-sepanjang-delapan-km-dioperasikan|title=Jalur Rel Ganda Alastuwo-Tawang Sepanjang Delapan Km Dioperasikan|last=Buwono|first=Bakti|date=2013-12-15|website=TribunJateng.com|access-date=2020-04-11}}</ref> terdapat masing-masing satu jalur lurus dan jalur belok baru di sisi barat daya emplasemen stasiun sehingga jumlah jalurnya bertambah menjadi enam. Penomoran jalur diubah sehingga nomor jalur di sisi timur laut stasiun menjadi jalur 4-6. Jalur 2 dan 3 yang baru berturut-turut digunakan sebagai sepur lurus arah [[Stasiun Surabaya Pasarturi|Surabaya]] dan Semarang.
Sejak tahun 2012 sistem persinyalan stasiun ini menggunakan persinyalan elektrik produksi [[Len Industri|PT Len Industri]].
