Setelah Burhanuddin dan para pemimpin Masyumi dibebaskan, beberapa pihak mencoba untuk membentuk kembali partai Masyumi yang telah dibubarkan sebelumnya. Bersama mereka, Burhanuddin turut ikut serta dalam pertemuan [[Partai Muslimin Indonesia]] (Parmusi) dipada bulan Agustus 1968. Namun, Soeharto tidak memperbolehkan tokoh-tokoh pemimpin Masyumi menjadi pemimpin dalamdi Parmusi.{{sfn|Ward|2010|pp=62-68}} Burhanuddin sendiri kurang berminat menjadi pemimpin di struktur Parmusi, karena ia lebih fokus ke bidang lain seperti jurnalisme dan dakwah. Ia berhasil mendirikan kembali surat kabar [[Abadi (surat kabar)|''Abadi'']], dan Burhanuddin menjadi pemimpin ''Abadi'' sampai [[Peristiwa Malari|dibredel tahun 1974]]. Ia juga aktif di [[Dewan Da'wah Islamiyah Indonesia]].{{sfn|Ward|2010|p=64}}{{sfn|Karma|1987|p=17}} Selain itu, setelah Soeharto memaksakan [[Pancasila]] menjadi dasar ideologis semua organisasi di Indonesia, termasuk organisasi keagamaan, Burhanuddin ikut menjadi penandatangan [[Petisi 50]] beserta banyak tokoh Muslim dan ABRI lainnya.{{sfn|Kahin|2012|pp=198-199}}
Burhanuddin meninggal pada tanggal 14 Juni 1987 di RSRumah Sakit Jantung Harapan Kita, [[Jakarta Barat]]. Sebelum meninggal, Burhanuddin sudah menderita penyakit jantung sejak tahun 1976. Ia dimakamkan di [[Taman Pemakaman Umum Tanah Kusir]], [[Jakarta Selatan]].<ref name="detik"/>
