Fakih dilahirkan di [[Gresik]], [[JawaKeresidenan TimurSurabaya]], [[Hindia Belanda]], pada 2 Maret 1904. Ayahnya, Usman Iskandar, bekerja sebagai pedagang kayu, sementara ibunya adalah seorang ibu rumah tangga yang merupakan keturunan [[ulama]].{{sfn|Syafruddin|1998|p=118}} Pasangan itu, yang hidupnya pas-pasan, mempunyai empat anak lain. Karena mereka tidak berasal dari kaum [[priyayi]], anak-anak tersebut tidak bisa mendapatkan pendidikan di sekolah Belanda.{{sfn|Syafruddin|1998|p=119}}{{sfn|Muhammadiyah, KH Faqih Usman}} Fakih belajar Islam dari waktu kecil; ia banyak diajari ayahnya.{{sfn|Muhammadiyah, KH Faqih Usman}} Ketika ia berusia sepuluh tahun ia mulai belajar di sebuah [[pesantren]] di Gresik. Setelah lulus pada tahun 1918, ia belajar di beberapa pesantren di luar kota Gresik, termasuk di [[Bungah, Gresik|Bungah]].{{sfn|Syafruddin|1998|p=118}}
