Segera setelah diumumkanistilah ini dibuat, Islam nusantara menghadapi tentangan dan kritik dari aliran Islam yang lain. Tentangan datang khususnya dari para penganut aliran [[wahhabi]] dan [[salafi]], atau aliran serupa yang hendak "membersihkan" Islam dari unsur-unsur lokal yang dianggap tidak Islami, yang sering dihujat sebagai praktik [[syirik]] atau [[bid'ah|bidah]]. [[Hizbut Tahrir Indonesia]] dan [[Front Pembela Islam]] telah secara terang-terangan menentang konsep Islam nusantara.<ref>{{Cite web|date=2015-07-18|title=Habib Rizieq : Islam Nusantara No, Islamkan Nusantara Yes|url=https://merahputih.com/post/read/habib-rizieq-islam-nusantara-no-islamkan-nusantara-yes|website=MerahPutih|access-date=2022-01-19}}</ref><ref name="BBC-Islam Nusantara"/>. Islam nusantara dikritik sebagai suatu bentuk Islam [[sinkretisme]] yang merusak "kesempurnaan" dan ketunggalan Islam, serta dianggap merusak persatuan umat.<ref>{{cite web | title = Islam Itu Sudah Sempurna, Tidak Butuh Embel-Embel "Nusantara" | date = 15 June 2015 | work = Era Muslim | url = https://www.eramuslim.com/berita/nasional/islam-itu-sudah-sempurna-tidak-butuh-embel-embel-nusantara.htm#.WYy-W7YxXIU | language = Bahasa Indonesia}}</ref>.
[[Muhammadiyah]], merupakan satu organisasi Islam terbesar berpengaruh di Indonesia — dan tidak menentang, apa lagi secara langsung konsep ini, menekankan bahwa istilah Islam harus digunakan secara berhati-hati dan proporsional, agar tidak menindas aliran Islam lain yang memiliki pemahaman berbeda tentang Islam. Jika Islam didukung dan diangkat sebagai aliran Islam utama oleh negara, maka ditakutkan aliran Islam lain akan mengalami penindasan dan diskriminasi.<ref>{{cite news | date = 8 July 2015 | title = Muhammadiyah: Istilah Islam Nusantara Harus Digunakan Proporsional | author = Marniati | newspaper = Republika | url = http://www.republika.co.id/berita/dunia-islam/islam-nusantara/15/07/08/nr5vo9-muhammadiyah-istilah-islam-nusantara-harus-digunakan-proporsional | language = Bahasa Indonesia}}</ref>
