Ponpes ini terkenal akan penekanan ketaqwaan dan kedisipilanannya yang tinggi. Salah satu persyaratan masuk santri baru di ponpes ini adalah kesanggupan bagi kedua orang tua untuk tidak membawa permasalahan yang terjadi di pondok ke ranah [[hukum]].<ref>{{Cite web|title=Ponpes Gontor Dikritik Tutupi Santri Tewas Akibat Bullying, Baru Terbuka usai Viral|url=https://www.vice.com/id/article/dy7dyz/santri-ponpes-gontor-tewas-dianiaya-senior-sempat-ditutupi-pengelola-ponpes|website=www.vice.com|language=id|access-date=2022-09-07}}</ref>
Pada September 2022, mencuat kasus penganiayaan di dalam lingkungan pesantren ini yang menewaskan salah satu [[santri]]-nya. Pihak pesantren awalnya beralasan bahwa sang santri meninggal karena kelelahan. Namun ketika melakukan pengecekan, ibu korban menemukan sejumlah luka lebam pada [[jenazah]] anaknya.<ref>{{Cite web|last=Media|first=Kompas Cyber|date=2022-09-0706|title=KebohonganPihak PonpesPesantren Gontor dalamyang PeristiwaBerbohong soal Penyebab Kematian SantrinyaSantri AM Bisa DisesalkanDipidana|url=https://nasional.kompas.com/read/2022/09/0706/0755098122124141/kebohonganpihak-ponpespesantren-gontor-dalamyang-peristiwaberbohong-soal-penyebab-kematian-santrinyasantri-am-disesalkanbisa|website=KOMPAS.com|language=id|access-date=2022-09-08}}</ref> Namun ketika melakukan pengecekan, ibu korban menemukan sejumlah luka lebam pada jenazah anaknya. Tidak terima, ibu korban langsung mendatangi pihak pesantren yang kemudian menjanjikan penyelesaian masalah. Akan tetapi, setelah beberapa hari berselang, merasa tidak ada itikad baik dari pihak pesantren, ibu korban pun mendatangi [[pengacara]] [[Hotman Paris Hutapea|Hotman Paris]], untuk meminta bantuan hukum.<ref>{{Cite web|last=Indonesia|first=C. N. N.|title=Santri Gontor Diduga Tewas Dianiaya, Ibu Ngadu ke Hotman Paris|url=https://www.cnnindonesia.com/nasional/20220905130540-20-843391/santri-gontor-diduga-tewas-dianiaya-ibu-ngadu-ke-hotman-paris|website=nasional|language=id-ID|access-date=2022-09-07}}</ref> Setelah viral, pihak pondok pun akhirnya melaporkan kasus ini ke [[Kepolisian Resor|Polres]] [[Kabupaten Ponorogo|Ponorogo]]. Pihak ponpes berdalih bahwa mereka sebelumnya tidak melaporkan kasus ini karena saat masuk pondok, orang tua telah [[Tanda tangan|menandatangani]] kesanggupan untuk tidak membawa ke ranah hukum.<ref>{{Cite web|title=Ponpes Gontor Dikritik Tutupi Santri Tewas Akibat Bullying, Baru Terbuka usai Viral|url=https://www.vice.com/id/article/dy7dyz/santri-ponpes-gontor-tewas-dianiaya-senior-sempat-ditutupi-pengelola-ponpes|website=www.vice.com|language=id|access-date=2022-09-07}}</ref>
