Ndalem Brontokusuman dipugar tahun 2017 karena tingkat kerusakan bagian belakang dari bangunan ini cukup parah akibat gempa bumi yang terjadi di Yogyakarta tanggal 27 Mei 2006.<ref>{{Cite web|last=|first=|date=|title=Hampir Roboh Karena Gempa, Ndalem Brontokusuman Mulai Dipugar Gunakan Danais|url=https://jogja.sorot.co/berita-48397-hampir-roboh-karena-gempa-ndalem-brontokusuman-mulai-dipugar-gunakan-danais.html|website=Sorot Jogja|access-date=28 Agustus 2019}}</ref><ref name=":0">{{Cite webnews|last=|first=|dateauthor=Eka Arifa Rusqiyati|title=Ndalem Brontokusuman Penuhi Syarat Cagar Budaya|url=https://jogja.antaranews.com/berita/347297/ndalem-brontokusuman-oenuhi-syarat-cagar-budaya|websitelocation=AntaraYogyakarta|agency=[[LKBN NewsAntara]]|access-date=28 Agustus 2019}}</ref><ref>{{Cite webnews|title=Cagar Budaya Taman Siswa dan Ndalem Brontokusuman Akan Diperbaiki|url=https://wwwjogja.antaranews.com/berita/645610/cagar-budaya-taman-siswa-dan-ndalem-brontokusuman-akan-diperbaiki|website|author=AntaraEka NewsArifa Rusqiyati|agency=[[LKBN Antara]]|location=Yogyakarta|access-date=29 Mei 2022}}</ref><ref>{{Cite web|last=|first=|date=|title=Rumah Bangsawan Keraton Yogyakarta Dipugar Pakai Dana Keistimewaan|url=https://nasional.tempo.co/read/567952/rumah-bangsawan-keraton-yogya-dipugar-pakai-dana-keistimewaan/full&view=ok|website=Tempo Media Group|access-date=28 Agustus 2019}}</ref> Saat ini, bangunan tersebut telah ditetapkan sebagai salah satu bangunan cagar budaya, meskipun hanya melalui Surat Keputusan Wali Kota Nomor 798/KEP/2009. Keputusan tersebut tetap memiliki kekuatan hukum yang kuat dan pencabutan statusnya hanya bisa dilakukan oleh pemerintah pusat.<ref>{{Cite web|url=https://www.bernas.id/52248-bangunan-cagar-budaya-di-jogja-bertambah.html|title=Bangunan Cagar Budaya di Jogja Bertambah|last=Redaksi Bernas|first=|date=18 November 2017|website=Bernas|access-date=28 Agustus 2019}}</ref> Adapun dasar dalam menentukan bangunan warisan budaya adalah Perda Daerah Istimewa Yogyakarta No. 6 Tahun 2012,<ref>{{Cite webnews|title=Ndalem Brontokusuman Akan Menjadi Bangunan Cagar Budaya|url=https://jogja.tribunnews.com/2017/07/05/ndalem-brontokusuman-akan-menjadi-bangunan-cagar-budaya|websitelast=Fatoni|first=Muhammad|newspaper=[[Tribun Jogja]]|publisher=[[KG Media]]|location=[[Kota Yogyakarta|Yogyakarta]]|via=[[Tribun News]]|access-date=29 Mei 2022}}</ref> sedangkan penentuan untuk bangunan cagar budaya didasarkan atas Undang-Undang No. 11 Tahun 2010 tentang cagar budaya.<ref name=":0" />
