Ide pendirian perusahaan ini muncul pada Sidang Dewan Stabilisasi Ekonomi Nasional di tanggal 21 Desember 1976 untuk meningkatkan partisipasi masyarakat dalam memiliki saham-saham perusahaan swasta melalui pasar modal. Seminggu kemudian, perusahaan inipun resmi didirikan. Pada tanggal 10 Agustus 1977, Presiden [[Soeharto]] resmi membuka kembali [[Bursa Efek Jakarta]], yang sempat ditutup pada tahun 1958, di Gedung Danareksa. Kehadiran perusahaan inipun menjadi simbol dimulainya pasar modal di Indonesia. Pada tahun yang sama, untuk pertama kalinya, perusahaan ini menjadi [[penjamin emisi]] dari [[Semen Cibinong]]. Pada tahun 1992, perusahaan ini melakukan restrukturisasi dengan membentuk tiga anak usaha, yakni [[Danareksa Sekuritas]] yang fokus pada bidang penasehatan keuangan dan perantara perdagangan efek, [[Danareksa Investment Management]] yang fokus pada bidang [[reksa dana]], dan [[Danareksa Finance]] yang bergerak di bidang pembiayaan. Pada tahun 1996, perusahaan ini menerbitkan reksa dana pertama di Indonesia. Pada tahun 2009, perusahaan ini menyusun [[efek beragun aset]] pertama di Indonesia. Setahun kemudian, perusahaan ini mendirikan anak usaha bernama [[Danareksa Capital]] agar dapat lebih fokus pada bidang ekuitas swasta dan investasi.
Pada tahun 2018, perusahaan ini resmi menjual 67% saham Danareksa Sekuritas dan 35% saham Danareksa Investment Management ke [[Bank Rakyat Indonesia]]. dengan harga Rp 819 milyar.<ref name="brids">{{Cite web|url=https://keuangan.kontan.co.id/news/bri-targetkan-akuisisi-danareksa-sekuritas-selesai-di-akhir-2018|title=BRI targetkan akuisisi Danareksa Sekuritas selesai di akhir 2018|publisher=Kontan|first=Galvan|last=Yudistira|date=24 Oktober 2018|language=id|access-date=4 Desember 2022}}</ref> Pada tanggal 19 Juni 2019, perusahaan ini resmi mengakuisisi anak usaha [[Telkom]] yang bergerak di bidang ''switching'' [[ATM]], yakni [[Jalin Pembayaran Nusantara]], sebagai bagian dari rencana pemerintah untuk mendorong peningkatan kualitas infrastruktur jasa keuangan.<ref name="annual"/><ref name="government-fleet">{{Cite news|url=https://m.bisnis.com/market/read/20190619/92/935624/danareksa-ambil-alih-67-persen-saham-pt-jalin-pembayaran-nusantara|title=Danareksa Ambil Alih 67 Persen Saham PT Jalin Pembayaran Nusantara|publisher=bisnis.com|accessdate=9 Januari 2020|work=[[Bisnis Indonesia|Bisnis.com]]|last=Dinisari|first=Mia Chitra|editor-last=Dinisari|editor-first=Mia Chitra}}</ref><ref name="sejarah">{{Cite web|url=https://www.danareksa.co.id/about/tentang-danareksa/|title=Tentang Danareksa|publisher=Danareksa (Persero)|language=id|access-date=27 September 2021}}</ref> Pada tanggal 24 Januari 2022, pemerintah Indonesia resmi menunjuk perusahaan ini sebagai [[Perusahaan induk|induk]] holding BUMN lintas sektor, yang beranggotakan [[Nindya Karya]], [[Kliring Berjangka Indonesia]], [[Kawasan Industri Medan]], [[Kawasan Industri Wijayakusuma]], [[Kawasan Industri Makassar]], [[Kawasan Berikat Nusantara]], [[Balai Pustaka]], dan [[Perusahaan Pengelola Aset]]. Pemerintah juga menyerahkan 50% saham [[Jakarta Industrial Estate Pulogadung]] dan [[Surabaya Industrial Estate Rungkut]] ke perusahaan ini.<ref name="holding">{{Cite news|url=https://keuangan.kontan.co.id/news/danareksa-bertransformasi-sebagai-holding-pengelola-bumn-lintas-sektor|title=Danareksa Bertransformasi Sebagai Holding Pengelola BUMN Lintas Sektor|publisher=Kontan|first=Dina Mirayanti|last=Hutauruk|date= 7 Februari 2022|language=id|access-date=7 Februari 2022|editor-last=Winarto|editor-first=Yudho|work=[[Kontan|Kontan.co.id]]}}</ref> Pada tahun 2022, Bank Rakyat Indonesia resmi meningkatkan kepemilikan sahamnya di Danareksa Investment Management menjadi 65%.<ref name="dim">{{Cite web|url=https://keuangan.kontan.co.id/news/bri-kuasai-danareksa-investment-management|title=BRI Kuasai Danareksa Investment Management|publisher=Kontan|first=Selvi|last=Mayasari|date=2 Desember 2022|language=id|access-date=4 Desember 2022}}</ref>
