Pada Februari 2023, Hendri Septa kembali menuai kontroversi setelah kelalaiannya membiarkan pembongkaran Rumah Singgah Bung Karno di Padang yang telah ditetapkan sebagai cagar budaya. Padahal, rumah dinasnya berhadap-hadapan dengan bangunan tersebut. Berbagai pihak menyanagkanmenyayangkan kelalaian Pemerintah Kota Padang atas dibiarkannya pembongkaran Rumah Singgah Bung Karno.<ref>{{Cite web|last=Indonesia|first=C. N. N.|title=Mahasiswa Sumbar Demo Rumah Singgah Bung Karno di Padang Dirubuhkan|url=https://www.cnnindonesia.com/nasional/20230220201141-20-915553/mahasiswa-sumbar-demo-rumah-singgah-bung-karno-di-padang-dirubuhkan|website=nasional|language=id-ID|access-date=2023-02-21}}</ref><ref>{{Cite web|last=Agency|first=ANTARA News|title=DPR RI sayangkan langkah peruntuhan rumah singgah Soekarno di Padang|url=https://sumbar.antaranews.com/berita/554940/dpr-ri-sayangkan-langkah-peruntuhan-rumah-singgah-soekarno-di-padang|website=Antara News Sumbar|access-date=2023-02-21}}</ref><ref>https://www.kompas.id/baca/nusantara/2023/02/14/bangunan-cagar-budaya-yang-memuat-sejarah-soekarno-di-kota-padang-dibongkar</ref><ref>{{Cite web|last=Kampai|first=Jeka|title=Sejarawan Sayangkan Rumah Singgah Bung Karno di Padang Dirubuhkan|url=https://www.detik.com/sumut/budaya/d-6578527/sejarawan-sayangkan-rumah-singgah-bung-karno-di-padang-dirubuhkan|website=detiksumut|language=id-ID|access-date=2023-02-21}}</ref> Menteri Pendidikan [[Nadiem Makarim]] menyebut pihaknya juga sedang mempertimbangkan untuk melakukan langkah hukum atas kelalaian yang dilakukan oleh Pemerintah Kota Padang tersebut.<ref>{{Cite web|last=Hantoro|first=Juli|date=2023-02-18|title=Nadiem: Membongkar Rumah Singgah Soekarno adalah Perbuatan Melawan Hukum|url=https://nasional.tempo.co/read/1692983/nadiem-membongkar-rumah-singgah-soekarno-adalah-perbuatan-melawan-hukum|website=Tempo|language=en|access-date=2023-02-21}}</ref>
Hendri Septa selaku wali kota memilih tidak memberi komentar dan menyebut masalah pembongkaran itu adalah masalah teknis.<ref>{{Cite web|title=Respon Wali Kota Padang Hendri Septa soal Rumah Singgah Soekarno yang Sudah Rata dengan Tanah|url=https://padang.tribunnews.com/2023/02/18/respon-wali-kota-padang-hendri-septa-soal-rumah-singgah-soekarno-yang-sudah-rata-dengan-tanah|website=Tribunpadang.com|language=id-ID|access-date=2023-02-21}}</ref>
