Pada Juni 2021, Novel masuk dalam daftar 75 pegawai KPK yang tidak lulus Tes Wawasan Kebangsaan (TWK).<ref name="Ridwan"/> Yang dijadikan syarat kelulusan alih status pegawai KPK sebagai Aparatur Sipil Negara (ASN). Namun, kebijakan ini menimbulkan kontroversi. Atas polemik ini, Novel cs mengadu ke [[Komnas HAM]]<ref>{{Cite web|last=Sponblog|title=Komnas HAM Terima Dokumen 650-an Halaman Terkait TWK|url=https://www.times.id/2021/06/komnas-ham-dapat-tambahan-dokumen-dari.html|website=Times ID|access-date=2021-06-08}}</ref>
Novel Baswedan sering dianggap menjadi pelindung [[Anies Baswedan]], sepupunya sendiri, dalam kasus korupsi sehingga Anies seperti tidak pernah berkasus di KPK, padahal sebenarnya dugaan korupsi yang melibatkan Anies cukup banyak, mulai dari Frankfurt Book Fair, dugaan korupsi rumah DP 0%, kelebihan bayar, kasus korupsi tanah Munjul, dan lain-lain, dan perlu penyelidikan serta penyidikan lebih lanjut.<ref name="tirto2">Dieqy Hasbi Widhana. [https://tirto.id/kasus-kasus-besar-dan-jenderal-yang-ditangani-novel-baswedan-cmr4 Kasus-kasus Besar dan Jenderal yang Ditangani Novel Baswedan]. 11 April 2017. ''[[Tirto.id]]''. Diakses pada 13 Juni 2020</ref><ref name="tirto2">Dieqy Hasbi Widhana. [https://tirto.id/kasus-kasus-besar-dan-jenderal-yang-ditangani-novel-baswedan-cmr4 Kasus-kasus Besar dan Jenderal yang Ditangani Novel Baswedan]. 11 April 2017. ''[[Tirto.id]]''. Diakses pada 13 Juni 2020</ref><ref name="detik2">Niken Purnamasari, Haris Fadhil. [https://news.detik.com/berita/d-3443387/anies-dilaporkan-ke-kpk-soal-penyimpangan-pameran-buku-frankfurt Anies Dilaporkan ke KPK soal Penyimpangan Pameran Buku Frankfurt]. 10 Maret 2017. ''[[detik.com]]''. Diakses pada 22 Agustus 2021</ref><ref name="voi">Ramdan Febrian Arifin. [https://voi.id/bernas/73872/kelebihan-bayar-kerap-terjadi-di-zaman-anies-baswedan-pengamat-bilang-masalahnya-ini-modus-korups Kelebihan Bayar Kerap Terjadi di Zaman Anies Baswedan, Pengamat Bilang Masalahnya Ini Modus Korupsi]. 6 Agustus 2021. ''[[voi.id]]''. Diakses pada 22 Agustus 2021</ref><ref name="tribunnews">Malvyandie Haryadi. [https://m.tribunnews.com/nasional/2021/07/26/awal-mula-kasus-pengadaan-tanah-di-munjul-hingga-alasan-kpk-periksa-gubernur-anies-baswedan?page=4 Awal Mula Kasus Pengadaan Tanah di Munjul hingga Alasan KPK Periksa Gubernur Anies Baswedan]. 26 Juli 2021. ''[[tribunnews.com]]''. Diakses pada 22 Agustus 2021</ref> Oleh karenanya muncul kalimat satire "Semoga Anies Baswedan selalu berada dalam lindungan Novel Baswedan" untuk mengkritisi mengapa KPK tidak berani menyelidiki Anies. Namun, Novel membantah tudingan tersebut. Menurut Novel, Anies belum pernah ada kasus di KPK dan ia meminta masyarakat untuk melaporkannya jika ada. Ia juga menjelaskan bahwa jika saudara sepupunya ada kasus, maka ia tidak akan ikut menyelidiki karena berpotensi terjadinya ''conflict of interest''.<ref name="cnbc">Syahrizal Sidik. [https://www.cnbcindonesia.com/news/20210620182951-4-254529/novel-baswedan-blak-blakan-tak-usut-kasus-korupsi-ke-anies Novel Baswedan Blak-Blakan Tak Usut Kasus Korupsi ke Anies]. 20 Juni 2021. ''[[cnbcindonesia.com]]''. Diakses pada 18 Agustus 2021</ref>
