[[Berkas:World Factbook (1982) Indonesia.jpg|jmpl|Peta Indonesia tahun 1980-an, saat [[Timor Timur]] masuk dalam salah satu provinsi di Indonesia]]
Milisi Fretilin yang selamat dari serangan Indonesia dari akhir 1970-an memilih [[Xanana Gusmão]] sebagai pemimpin mereka. Ia ditangkap oleh intelijen Indonesia di dekat [[Dili]] pada tahun 1992, dan digantikan oleh [[Ma'hunoMau Bulerek KarathayanoHoni]], yang ditangkap pada tahun 1993 dan pada gilirannya digantikan oleh [[Nino Konis Santana]]. Penerus Santana, pada kematiannya dalam serangan Indonesia tahun 1998, adalah [[Taur Matan Ruak]]. Pada 1990-an, ada sekitar kurang dari 200 pejuang gerilya yang tersisa di pegunungan, dan ide separatis sebagian besar telah bergeser ke barisan klandestin di kota-kota. Gerakan bawah tanah, namun, sebagian besar lumpuh oleh penangkapan secara terus menerus dan infiltrasi oleh agen Indonesia. Prospek kemerdekaan sangat gelap sampai [[kejatuhan Soeharto|jatuhnya Suharto]] pada tahun 1998 dan keputusan mendadak Presiden Habibie untuk mengizinkan [[referendum]] di Timor Timur pada tahun 1999.<ref>[http://www.instituteforthestudyofgenocide.org/oldsite/newsletters/24/hefner.html East Timor and Indonesia: The Roots of Violence and Intervention] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20111005032703/http://www.instituteforthestudyofgenocide.org/oldsite/newsletters/24/hefner.html |date=2011-10-05 }}.</ref>
