Stasiun Sepanjang memiliki empat jalur kereta api. Pada awalnya, jalur 2 merupakan sepur lurus. Semenjak penggantian sistem persinyalan di stasiun ini dari mekanik menjadi elektrik produksi Ansaldo<sup>[''per kapan?'']</sup>, sepur lurusnya diubah dari jalur 2 menjadi jalur 3.
Terkait dengan pembangunan [[jalur ganda]] lintas selatantengah [[Jawa]] pada segmen [[Stasiun Mojokerto|Mojokerto]]–Sepanjang, di stasiun ini sedang ada perombakan besar-besaran oleh Balai Teknik Perkeretaapian Wilayah Jawa Bagian Timur (BTP Jatim, sekarang BTP Surabaya) [[Direktorat Jenderal Perkeretaapian]]. Rencananya bangunan lama stasiun ini akan digantikan dengan bangunan baru berukuran lebih besar yang dibangun tepat di sebelahnya. Peron sisi eksisting stasiun ini diperpanjang dan ditinggikan agar memudahkan naik turun penumpang kereta api serta dilengkapi kanopi/''overcapping'' agar penumpang yang menunggu kereta api tidak lagi basah kuyup kehujanan maupun terkena panas terik matahari. Peron pulau stasiun ini dibongkar dan digantikan dengan peron sisi baru yang dibangun di sebelah jalur 4. Selain itu, dibangun pula [[Jembatan penyeberangan orang|jembatan penyeberangan]] di dekat bangunan baru stasiun agar nantinya penumpang non difabel yang ingin berpindah peron tidak lagi melalui jalur rel.
