Ketua Majelis Ulama Indonesia (MUI) wilayah Indramayu, K.H. Satori, menyebutkan bahwa para ulama Indramayu sendiri tidak mengetahui mazhab apa yang dianut oleh Al-Zaytun. Lebih lanjut, ia menyatakan bahwa tidak ada transparasi yang diterima MUI mengenai ajaran pondok pesantren ini.<ref>{{Cite web|date=24 April 2023|title=Reaksi MUI Usai Geger Salat Ied di Pesantren Al Zaytun Indramayu Pria-Wanita Campur Satu Shaf|url=https://poskota.co.id/2023/04/24/reaksi-mui-usai-geger-salat-ied-di-pesantren-al-zaytun-indramayu-pria-wanita-campur-satu-shaf?halaman=1|website=poskota.co.id|access-date=2023-07-03}}</ref> Sementara itu, MUI dan [[Kementerian Agama Republik Indonesia]] mengeklaim bahwa salat ʿĪd tersebut tetap sah, namun hukumnya [[makruh]].<ref>{{Cite web|title=Heboh Kontroversi Salat Idulfitri di Mahad Al-Zaytun Indramayu, MUI dan Kemenag Sepakat Hukumnya Sah|url=https://jabar.tribunnews.com/2023/04/30/heboh-kontroversi-salat-idulfitri-di-mahad-al-zaytun-indramayu-mui-dan-kemenag-sepakat-hukumnya-sah|website=Tribunjabar.id|language=id-ID|access-date=2023-07-03}}</ref>
Pada 15 Juni 2023, masyarakatsekelompok massa yang mengatasnamakan "Forum Indramayu Menggugat" melakukan aksi demonstrasi di pintu masuk pondok pesantren Al-Zaytun.<ref>{{Cite web|last=MetroTVNews|date=2023-06-15|title=Demo di Ponpes Al-Zaytun Indramayu Berakhir Tanpa Jawaban : Metro TV News|url=https://www.metrotvnews.com/play/NP6CZl7Z-demo-di-ponpes-al-zaytun-indramayu-berakhir-tanpa-jawaban|website=metrotvnews.com|language=id-ID|access-date=2023-07-17}}</ref><ref>{{Cite web|last=TokohIndonesia|date=2023-06-16|title=Demo Al-Zaytun Ngawur : Tokoh Indonesia|url=https://tokoh.id/berita/topik-pilihan/demo-al-zaytun-ngawur/|website=tokoh.id|language=id-ID|access-date=2023-07-17}}</ref> Hal ini dilatarbelakangi oleh pihak Ma'had yang dikabarkan memperbolehkan hubungan seks bebas (yang dalam Islam disebut sebagai {{transl|ar|[[zina]]}} dan telah [[haram|dilarang]] oleh ajaran Islam) dengan syarat menebusnya dengan uang sebesar 2 juta Rupiah.<ref>{{Cite web|last=Okezone|date=2023-06-15|title=Ponpes Al Zaytun Didemo Ribuan Warga Indramayu, Ini 5 Tuntutannya : Okezone News|url=https://news.okezone.com/read/2023/06/15/525/2831230/ponpes-al-zaytun-didemo-ribuan-warga-indramayu-ini-5-tuntutannya|website=news.okezone.com|language=id-ID|access-date=2023-07-03}}</ref><ref>{{Cite web|title=Sebut Santri Ponpes Al-Zaytun Boleh Zina asal Bayar Rp2 Juta, Pendiri NII Crisis Center Dipolisikan|url=https://www.kompas.tv/nasional/420621/sebut-santri-ponpes-al-zaytun-boleh-zina-asal-bayar-rp2-juta-pendiri-nii-crisis-center-dipolisikan|website=KOMPAS.tv|language=id|access-date=2023-07-03}}</ref> Hal ini telah memicu kontroversi baru pada awal pertengahan tahun 2023, di mana sejumlah ulama terkemuka Indonesia, termasuk [[Buya Yahya]],<ref>{{Cite web|last=VIVA|first=PT VIVA MEDIA BARU-|date=2023-06-10|title=Tanggapan Buya Yahya Mengenai Santri yang Diperbolehkan Berzina di Ponpes Al-Zaytun|url=https://bandung.viva.co.id/news/23149-tanggapan-buya-yahya-mengenai-santri-yang-diperbolehkan-berzina-di-ponpes-al-zaytun|website=bandung.viva.co.id|language=id|access-date=2023-07-03}}</ref> [[Ustad Abdul Somad|Abdul Somad]], dan [[Habib Rizieq Shihab|Rizieq Shihab]], mengeklaim bahwa Al-Zaytun mengajarkan ajaran sesat kepada murid-muridnya dan bahkan meminta penutupan pondok pesantren ini.<ref>{{Cite web|last=VIVA|first=PT VIVA MEDIA BARU-|date=2023-06-21|title=4 Ajaran yang Diduga Sesat Ponpes Al Zaytun, UAS: Panji Gumilang Antek-antek Yahudi|url=https://www.viva.co.id/trending/1611290-4-ajaran-yang-diduga-sesat-ponpes-al-zaytun-uas-panji-gumilang-antek-antek-yahudi|website=www.viva.co.id|language=id|access-date=2023-07-03}}</ref><ref>{{Cite web|date=2023-06-28|title=Kontroversi Ponpes Al Zaytun: UAS Tuding Panji Gumilang Antek Yahudi, Habib Rizieq Kecam Minta Ditutup|url=https://metro.suara.com/read/2023/06/28/151926/kontroversi-ponpes-al-zaytun-uas-tuding-panji-gumilang-antek-yahudi-habib-rizieq-kecam-minta-ditutup|website=suara.com|language=id|access-date=2023-07-03}}</ref>
