Fadjroel Rachman lahir di Banjarmasin pada tanggal 17 Januari 1964. Ia memiliki darah campuran [[Suku Banjar|Banjar]] dan [[Suku Melayu|Melayu]]. Fadjroel merupakan Pelajar Teladan sejak Sekolah Dasar, Sekolah Menengah Pertama dan Sekolah Menengah Atas se-[[Kalimantan Selatan]]. Setelah tamat SMA kemudian dia pergi ke pulau Jawa untuk kuliah di [[Institut Teknologi Bandung]] (ITB) Jurusan Kimia. Namun, pada tahun 19921989, iabersama di-dropout6 (DOenam) olehpimpinan kampus.<ref>{{Citemahasiswa news|last=Administrator|date=1992-04-04|title=MerekaInstitut yangTeknologi inginBandung, Kembali|url=https://majalah.tempo.co/read/pendidikan/8226/mereka-yang-ingin-kembali|work=[[Tempo.co]]|access-date=2021-02-16|archive-date=2023-04-02|archive-url=https://web.archive.org/web/20230402114644/https://majalah.tempo.co/read/pendidikan/8226/mereka-yang-ingin-kembali|dead-url=no}}</ref>ia dikeluarkan setelah BerkatPeristiwa bantuanLima [[RizalAgustus Ramli]]1989, iayang direkomendasikanmenolak kembalikehadiran kuliahMenteri diDalam UI.<ref>{{CiteNegeri web|last=Indonesia|first=PTJenderal Entitas(purn) Rudini ke kampus ITB, dan menyatakan seruan Keluarga System|title=KritikMahasiswa TajamITB Menghujamuntuk Jubirturunnya Presiden,FadjroelJenderal Rachman|url=https://www.teropongsenayan.com/109736-kritik-tajam-menghujam-jubir-presiden-fadjroel-rachman|website=TEROPONGSENAYAN.com-MataBesar dan(purn) HatiSoeharto Indonesia|language=en|access-date=2021-02-16|archive-date=2021-04-23|archive-url=https://web(Turunkan Soeharto!).archive.org/web/20210423105857/https://www.teropongsenayan.com/109736-kritik-tajam-menghujam-jubir-presiden-fadjroel-rachman|dead-url=no}}</ref> Melalui rekomendasi wartawan senior Mochtar Lubis, Fadjroel mengambil kuliah Manajemen Keuangan di Fakultas Ekonomi [[Universitas Indonesia]] dan Magister Hukum (Ekonomi) di Pasca Sarjana Fakultas Hukum [[Universitas Indonesia]] (lulus dengan predikat Cum Laude). Fadjroel adalah Doktor Ilmu Komunikasi Pascasarjana FISIP Universitas Indonesia (Komunikasi Politik).
Pada masa Orde Baru, Ia sempat mendekam di [[Lembaga Pemasyarakatan]] [[Nusakambangan]] akibat aktivitasnya menentang pemerintahan Jenderal Besar Soeharto dan Rezim [[Orde Baru]] semasa menjadi mahasiswa [[Institut Teknologi Bandung]].<ref name="okezone1">{{Cite news|author = Miftahul Ulum