Pendidikan bagi anak di Kalimantan Utara masih memerlukan perbaikan ke arah yang lebih baik dan itu berpengaruh bagi kelangsungan hidup warga perbatasan. Ini dikarenakan penduduk yang tinggal di daerah perbatasan bekerja di [[perkebunan sawit]] dan jauh dari pemukiman warga, walhasil anak-anak tak dapat sekolah.<ref name=tapalbatas/> Selain dari ketiadaan pilihan lainnya, hal lain adalah warga yang bekerja di kebun sawit di Malaysia putus sekolah dan tak berkeahlian.<ref name=tapalbatas>{{aut|Sucipto}} (5 Oktober 2020). "Tapal Batas dan Jantung Borneo di Kaltara". ''[[Kompas (surat kabar)|Kompas]]''. Hlm.11</ref>
Menurut Sistem Informasi Data Statistik Sektoral Kalimantan Utara, 1.140 ruang kelas SD hingga SMA mengalami rusak sedang hingga berat.<ref name=kompasid/> Per 2019, sebanyak 30 sekolah dasar dan menengah telah direhabdiperbaiki dan 12 di antaranya dekat perbatasan Indonesia-Malaysia yang tersebar di [[Kabupaten Malinau]] dan [[Kabupaten Nunukan|Nunukan]] dengan anggaran mencapai Rp 34 miliar.<ref name=kompasid>{{cite news|url=https://kompas.id/baca/nusantara/2020/07/01/puluhan-bangunan-sekolah-di-perbatasan-kaltara-malaysia-dipugar/|title=Puluhan Bangunan Sekolah di Perbatasan Kaltara-Malaysia Dipugar|author=Sucipto|editor=Siwi Yunita|date=1 Juli 2020|accessdate=27 November 2020|work=Kompas.id|archive-date=2020-11-02|archive-url=https://web.archive.org/web/20201102131816/https://www.kompas.id/baca/nusantara/2020/07/01/puluhan-bangunan-sekolah-di-perbatasan-kaltara-malaysia-dipugar/|dead-url=no}}</ref> Namun begitu, ada upaya pemberdayaan pendidikan oleh masyarakat di sini: seperti yang dicontohkan dari [[Kabupaten Malinau]]. Daerah ini memiliki program "jam belajar masyarakat" (atau jambelmas) yang berasal dari Gerakan Wajib Belajar 16 Tahun dengan perpustakaan desa dan rumah baca masyarakat. Menurut Neraca Pendidikan Daerah Kemendikbud, per 2018, kabupaten ini memiliki 99 SD dan 29 SMP.<ref name=kompascom>{{Cite news|url=https://edukasi.kompas.com/read/2019/05/02/20201011/belajar-pemberdayaan-pendidikan-oleh-masyarakat-dari-malinau-kaltara?page=all#page2|title=Belajar Pemberdayaan Pendidikan oleh Masyarakat dari Malinau Kaltara|author=|editor=Harususilo, Yohanes Enggar|work=[[Kompas.com]]|date=2 Mei 2019|accessdate=27 November 2020|editor-last=Harususilo|editor-first=Yohanes Enggar|first=Yohanes Enggar|last=Harususilo|archive-date=2020-12-06|archive-url=https://web.archive.org/web/20201206061659/https://edukasi.kompas.com/read/2019/05/02/20201011/belajar-pemberdayaan-pendidikan-oleh-masyarakat-dari-malinau-kaltara?page=all#page2|dead-url=no}}</ref>
