[[File:Joachim-Westphal.jpg|thumb|right|[[Joachim Westphal (dari Hamburg)|Joachim Westphal]] tidak setuju dengan teologi Calvin tentang [[Perjamuan Kudus]].]]
Teologi Calvin bukan tanpamenuai kontroversi. [[Pierre Caroli]], seorang pendeta Protestan di [[Lausanne]], menuduh Calvin, juga Viret dan Farel, sebagai menganut [[Arianisme]] pada tahun 1536. Calvin mempertahankan keyakinannya tentang Trinitas dalam ''Confessio de Trinitate propter calumnias P. Caroli''.<ref>{{Harvnb|Gamble|2004|p=199}}; {{Harvnb|Cottret|2000|pp=125–126}}</ref> Pada tahun 1551 [[Jérôme-Hermès Bolsec]], seorang dokter di Jenewa, menyerang doktrin predestinasi Calvin dan menuduhnya membuat Allah sebagai penyebab dosa. Bolsec diusir dari kota, dan setelah kematian Calvin, menulis sebuah biografi yang sangat mencemarkan karakter Calvin.<ref>{{Harvnb|Gamble|2004|pp=198–199}}; {{Harvnb|McGrath|1990|pp=16–17}}; {{Harvnb|Cottret|2000|pp=208–211}}</ref> Pada tahun berikutnya, [[Joachim Westphal (dari Hamburg)|Joachim Westphal]], seorang pendeta [[Gnesio-Lutheran]] di Hamburg, mengecam Calvin and Zwingli sebagai bidat karena menolak doktrin persatuan tubuh Kristus dengan unsur-unsur dalam Perjamuan Kudus. ''Defensio sanae et orthodoxae doctrinae de sacramentis'' (Sebuah Pembelaan terhadap Doktrin Sakramen yang Sadar dan Ortodoks) karya Calvin adalah tanggapannya pada tahun 1555.<ref>{{Harvnb|Gamble|2004|pp=193–196}}; {{Harvnb|Parker|1975|p=163}}</ref> Pada tahun 1556 [[Justus Velsius]], seorang disiden Belanda, menyelenggarakan [[disputasi]] publik dengan Calvin selama kunjungannya ke [[Frankfurt]], di mana Velsius membela [[kehendak bebas]] melawan doktrin [[predestinasi]] Calvin. Menyusul eksekusi Servetus, seorang rekan dekat Calvin, [[Sebastian Castellio]], berselisih dengannya dalam masalah perlakuan terhadap para bidat. Dalam ''Risalah mengenai Para Bidat'' (1554) karya Castellio, ia menganjurkan untuk berfokus pada ajaran moral Kristus sebagai ganti atas kesia-siaan teologi,<ref>{{Harvnb|Cottret|2000|pp=227–233}}</ref> dan ia kemudian mengembangkan sebuah teori toleransi berdasarkan prinsip-prinsip Alkitab.<ref>{{Harvnb|Ganoczy|2004|pp=17–18}}</ref>
