Pada [[12 Agustus]] [[2016]], PT KAI Commuter Jabodetabek (KCJ) bersama komunitas pecinta KRL Commuter Line menyelenggarakan diskusi mengenai rencana pengembangan Stasiun Manggarai. Untuk menjawab keluhan antrean penumpang KCI yang terus meningkat setiap tahunnya, penyelesaian [[jalur dwiganda]] [[Stasiun Cikarang|Cikarang]]—Manggarai dikebut. Selain itu, stasiun ini akan dibuat bertingkat yang dapat mengakomodasi kereta api jarak jauh dan KRL Commuter Line dengan jalur masing-masing. Stasiun ini diharapkan akan menjadi stasiun pusat bagi KRL Commuter Line dan juga terminus untuk [[Kereta Ekspres Bandara Internasional Soekarno-Hatta|KRL Bandara Soekarno-Hatta]].<ref>{{Cite web|url=https://redigest.web.id/2016/08/ptkcj-mengadakan-focus-group-discussion/|title=PTKCJ Adakan Focus Group Discussion Bersama Pengguna KRL|last=Pratama|first=TB Gemilang|date=2016-08-13|website=Railway Enthusiast Digest|language=id-ID|access-date=2019-10-08}}</ref>
Terkait dengan hal tersebut, [[Direktorat Jenderal Perkeretaapian]] mulai melakukan renovasi stasiun ini pada tahun 2017 dengan menambahkan bangunan baru dengan arsitektur modern minimalis futuristik menjadi sebanyak tiga lantai—lantai 1 stasiun merupakan emplasemen KRL Commuter Line dan KRL bandara, lantai 2 merupakan tempat penyediaan fasilitas penumpang dan kios (area komersial), dan lantai 3 digunakan untuk pemberhentian KRL Commuter Line dan juga kereta api jarak jauh.<ref>{{Cite news|url=https://www.cnbcindonesia.com/news/20181022201310-4-38535/pengumuman-stasiun-manggarai-bakal-disulap-seperti-ini|title=Pengumuman!, Stasiun Manggarai Bakal Disulap Seperti Ini|last=Pablo|first=Samuel|work=[[CNBC Indonesia]]|publisher=[[Trans Media]]|location=[[Jakarta]]|language=id|access-date=2019-10-08}}</ref><ref>{{Cite news|url=https://wartakota.tribunnews.com/2017/03/25/stasiun-manggarai-bakal-jadi-tiga-lantai|title=Stasiun Manggarai Bakal Jadi Tiga Lantai|worknewspaper=[[TribunnewsWarta Kota]]|Tribunnews.comlocation=[[Jakarta]]|publisher=[[KG Media]]|language=id|access-date=2019-10-08|first=Max Agung|last=Pribadi}}</ref> Bangunan lama stasiun ini, peninggalan [[Staatsspoorwegen]], akan tetap dipertahankan karena berstatus sebagai [[cagar budaya]]. Dengan selesainya proyek Stasiun Manggarai sebagai stasiun sentral ini, direncanakan semua kereta api antarkota lintas selatan, tengah, dan utara [[Jawa]] di [[Stasiun Gambir]] akan dipindahkan ke Stasiun Manggarai, terutama pada kelas eksekutif serta sebagian kecil kelas campuran seperti KA {{KA|Argo Parahyangan}} dan {{KA|Argo Cheribon}} meskipun [[Stasiun Pasar Senen]] tetap melayani seperti biasa yang tidak ada dampak dari perpindahan layanan KA antarkota ke Manggarai terutama bagi kelas campuran dan ekonomi. Namun tantangan harus dihadapi bagi Direktorat Jenderal Perkeretaapian maupun PT Kereta Api Indonesia (Persero) sebagai operator dari stasiun sentral Manggarai yang direncanakan seperti pembebasan lahan yang luas untuk membangun akses yang memadai serta kepadatan penumpang yang tidak dihindari terutama stasiun pertukaran lin [[KAI Commuter]] yang hendak bertukar menuju tujuan selanjutnya.<ref>{{Cite news|url=https://www.cnbcindonesia.com/news/20191008074031-4-105116/meraba-masa-depan-stasiun-gambir-manggarai-sekeren-apa-ya|title=Meraba Masa Depan Stasiun Gambir & Manggarai, Sekeren Apa Ya?|last=Anwar|first=Muhammad Choirul|work=[[CNBC Indonesia]]|location=[[Jakarta]]|publisher=[[Trans Media]]|language=id|access-date=2019-10-08}}</ref><ref>{{Cite news|url=https://finance.detik.com/infrastruktur/d-4738238/mengintip-suasana-stasiun-manggarai-yang-bakal-gantikan-gambir|title=Mengintip Suasana Stasiun Manggarai yang Bakal Gantikan Gambir|last=Hamdani|first=Trio|work=[[Detik.com|Detik]]|location=[[Jakarta]]|publisher=[[Trans Media]]|access-date=2019-10-08}}</ref><ref>{{cite news|url=https://kumparan.com/kumparanbisnis/bos-kai-akui-stasiun-manggarai-belum-siap-menjadi-stasiun-sentral-ini-alasannya-1zsQG0ZFZap/full|title=Bos KAI Akui Stasiun Manggarai Belum Siap Menjadi Stasiun Sentral, Ini Alasannya|last=Angga|first=Sukmawijaya|work=[[Kumparan (situs web)|Kumparan]]|date=21 Februari 2023|accessdate=26 Oktober 2023|location=[[Jakarta]]}}</ref>
Untuk mengakomodasi pelayanan KRL Bandara Railink, perjalanan yang semula hanya melayani rute Sudirman Baru/BNI City—Bandara Soekarno-Hatta diperpanjang menjadi Manggarai—Bandara Soekarno-Hatta—sebelumnya sempat diperpanjang menjadi Bekasi—Bandara Soekarno-Hatta selama beberapa bulan. Dengan selesainya bangunan KA Bandara, Stasiun Manggarai sudah resmi melayani penumpang KRL Bandara tersebut sejak [[5 Oktober]] [[2019]].<ref>[https://megapolitan.kompas.com/read/2019/10/03/10320931/mulai-5-oktober-stasiun-manggarai-layani-ka-bandara-soekarno-hatta Mulai 5 Oktober, Stasiun Manggarai Layani KA Bandara Soekarno-Hatta]</ref>
