Stasiun Sepanjang memiliki empat jalur kereta api. Pada awalnya, jalur 2 merupakan sepur lurus. Semenjak penggantian sistem persinyalan di stasiun ini dari mekanik menjadi elektrik produksi Ansaldo<sup>[''per kapan?'']</sup>, sepur lurusnya diubah dari jalur 2 menjadi jalur 3. Setelah [[jalur ganda]] segmendari Mojokerto–Sepanjangstasiun beroperasiini hingga [[Stasiun Mojokerto]] padadioperasikan tanggalper 1 Desember 2023<ref>{{cite news|last=Kurnia|first=Dadang|date=1 Desember 2023|title=Jalur Ganda Mojokerto-Sepanjang Beroperasi, Perjalanan Kereta Lebih Singkat|url=https://news.republika.co.id/berita/s4z4h2484/jalur-ganda-mojokertosepanjang-beroperasi-perjalanan-kereta-lebih-singkat|newspaper=[[Republika (surat kabar)|Republika]]|location=[[Surabaya]]|publisher=[[MahakaX]]}}</ref>, tata letak jalur duadi danstasiun ini sedikit diubah. Jalur 3 tigadijadikan menjadisebagai sepur lurus baikjalur ganda dari arah Surabaya[[Stasiun danKertosono|Kertosono]] Yogyakarta;sekaligus sepur raya jalur tunggal ke arah [[Stasiun Wonokromo|Wonokromo]], jalur 2 dijadikan sebagai sepur lurus jalur ganda ke arah Kertosono saja, sedangkan jalur 1 dan 4 hanya digunakan untuk persusulan antarkereta api sekaligus pemberhentian kereta api lokal.
Terkait dengan pembangunan [[jalur ganda]]lintas tengah [[Jawa]] pada segmen [[Stasiun Mojokerto|Mojokerto]]–Sepanjangtersebut, di stasiun ini sedang ada perombakan besar-besaran oleh Balai Teknik Perkeretaapian Wilayah Jawa Bagian Timur (BTP Jatim, sekarang BTP Surabaya) [[Direktorat Jenderal Perkeretaapian]]. Rencananya bangunan lama stasiun ini akan digantikan dengan bangunan baru berukuran lebih besar yang dibangun tepat di sebelahnya. Peron sisi eksisting stasiun ini sudah diperpanjang dan ditinggikan agar memudahkan naik turun penumpang kereta api serta dilengkapi kanopi agar penumpang yang menunggu kereta api tidak lagi basah kuyup kehujanan maupun terkena panas terik matahari. Peron pulau stasiun ini dibongkar dan digantikan dengan peron sisi baru yang dibangun di sebelah jalur 4. Selain itu, dibangun pula [[Jembatan penyeberangan orang|jembatan penyeberangan]] di dekat bangunan baru stasiun agar nantinya penumpang non difabel yang ingin berpindah peron tidak lagiharus melalui jalur rel.
