Pada tahun 2000, SMK GKE Mandomai memperoleh pengakuan resmi melalui Surat Keputusan Nomor 79/C.C7/KEP/PP/2000.
Meskipun bagian dari persekutuan Gereja-Gereja di Indonesia (PGI) dan Gereja Kalimantan Evangelis (GKE), yang sering dianggap terkait dengan komunitas [[Agama Kristen|nasrani]], SMK GKE Mandomai sekolah ini menerima siswa dari berbagai latar belakang agama, seperti sekolah pada kristen pada umumnya.<ref>{{Cite web|title=Mengapa sekolah-sekolah Kristen terkenal mau menerima siswa non-Kristen?|url=https://id.quora.com/Mengapa-sekolah-sekolah-Kristen-terkenal-mau-menerima-siswa-non-Kristen|website=Quora|language=id|access-date=2023-11-23}}</ref>
