[[Kerusuhan]] pada [[Mei 1998]] telah menyeret beberapa nama aktivis kedalam daftar pencarian aparat Kopassus Mawar.<ref name="Tempo"/> Di antara para aktivis itu adalah aktivis dari [[Partai Rakyat Demokratik]], [[Partai Demokrasi Indonesia]], [[Partai Persatuan Pembangunan]], JAKKER, [[pengusaha]], [[mahasiswa]], dan [[pelajar]] yang menghilang terhitung sejak bulan April hingga [[Mei 1998]].<ref>{{Cite nameweb |last="Tempo"Sholih |first=Mufti |title=Sejarah Kontroversi Andi Arief: Wiji Thukul, Prabowo, Kini Narkoba |url=https://tirto.id/sejarah-kontroversi-andi-arief-wiji-thukul-prabowo-kini-narkoba-dij1 |access-date=2023-11-14 |website=tirto.id |language=id}}</ref> Semenjak bulan Juli 1996, Thukul sudah berpindah-pindah keluar masuk daerah dari kota satu ke kota yang lain untuk bersembunyi dari kejaran aparat.<ref name="Tempo"/> Dalam pelariannya itu Thukul tetap menulis puisi-puisi pro-[[demokrasi]] yang salah satu di antaranya berjudul ''Para Jendral Marah-Marah''.<ref name=Tempo/> Pada tahun 2000, Sipon melaporkan hilangnya Thukul pada [[KONTRAS]] (Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan), namun Thukul belum ditemukan hingga kini. Istri Thukul, Sipon kemudian meninggal dunia pada 2023.<ref>{{cite nameweb |last1=Afifa |first1=Laila |title=Siti Diyah Sujirah, Wife of Missing Activist Wiji Thukul Passes Away |url=https://en.tempo.co/read/1676400/siti-diyah-sujirah-wife-of-missing-activist-wiji-thukul-passes-away |website="Tempo" |access-date=2 May 2023 |language=en |date=6 January 2023}}</ref>
