Stasiun ini terakhir mendapatkan renovasi total dua kali. Yang pertama adalah penambahan bangunan kaca di sisi utara stasiun, yang dibangun sekitar tahun 2020.{{Butuh rujukan}} Yang kedua adalah menambah [[jembatan layang]] dengan panjang {{Convert|36|m|ft}} lebar {{Convert|6|m|ft}}, serta memiliki kapasitas hingga 100 orang penumpang, yang dilengkapi lift difabel serta fasilitas [[Sistem pengenalan wajah|pengenalan wajah]]. Selain itu, di sisi selatan stasiun juga telah dibangun bangunan khusus loket dengan memanfaatkan salah satu bekas rumah dinas. Renovasi total ini diresmikan oleh Direktur Utama PT KAI saat itu, Didiek Hartantyo, pada 27 Desember 2023.<ref>{{Cite web|last=Firmansyah|first=Anang|title=Hore! Ada Skybridge di Stasiun Purwokerto, Begini Penampakannya|url=https://www.detik.com/jateng/bisnis/d-7110818/hore-ada-skybridge-di-stasiun-purwokerto-begini-penampakannya|website=detikjateng|language=id-ID|access-date=2024-01-12}}</ref><ref>{{Cite web|last=Media|first=Kompas Cyber|date=2023-12-27|title=Semakin Padat, Akses Masuk Stasiun Purwokerto Ditambah Lewat Skybridge|url=https://regional.kompas.com/read/2023/12/27/170041178/semakin-padat-akses-masuk-stasiun-purwokerto-ditambah-lewat-skybridge|website=KOMPAS.com|language=id|access-date=2024-01-12}}</ref>
{| cellspacing="0" cellpadding="3"
| style="border-top:solid 2px" |Jalur '''7'''
| rowspan="3" style="border-top:solid 2px" |←
| style="border-top:solid 2px" |Jalur akses menuju depo induk
| rowspan="3" style="border-top:solid 2px" |→
|-
|Jalur '''6'''
| Parkir rangkaian kereta
|-
| Jalur '''5'''
|{{rint|KAI|KAI}} Keberangkatan dan kedatangan kereta api antarkota
|-
| colspan="4" style="border:solid 2px; text-align:center" |{{Small|Peron pulau}}
|-
| Jalur '''4'''
|{{rint|KAI|KAI}} Keberangkatan dan kedatangan kereta api antarkota
|-
| colspan="4" style="border:solid 2px; text-align:center" |{{Small|Peron pulau}}
|-
| rowspan="3" |Jalur '''3'''
| rowspan="3" |←
|Sepur lurus arah {{Sta|Kroya}}
| rowspan="2" |
|-
|Jalur berjalan langsung kereta api ke arah selatan
|-
|{{rint|KAI|KAI}} Pemberhentian kereta api antarkota ke arah selatan
|
|-
| colspan="4" style="border:solid 2px; text-align:center" |{{Small|Peron pulau, pintu terbuka di sebelah kiri}}
|-
| rowspan="3" |Jalur '''2'''
| rowspan="3" |
|Sepur lurus arah {{Sta|Cirebon Prujakan}}
| rowspan="3" |→
|-
|Jalur berjalan langsung kereta api ke arah utara
|-
|{{rint|KAI|KAI}} Pemberhentian kereta api antarkota ke arah utara
|-
| colspan="4" style="border:solid 2px; text-align:center" |{{Small|Peron pulau, pintu terbuka di sebelah kanan}}
|-
|Jalur '''1'''
|{{rint|KAI|KAI}} Keberangkatan dan kedatangan kereta api antarkota
|-
| colspan="4" style="border:solid 2px; border-bottom:none 2px; text-align:center" |{{Small|Peron sisi}}
|-
| style="border:solid 1px gray; border-right:none;" |'''G'''
| colspan="3" style="border:solid 1px gray; border-left:none;" |'''Bangunan utama stasiun'''
|}
== Ciri khas ==
|