Lalu Wakatobi kemudian menjadi salah satu kabupaten di Sulawesi Tenggara.<ref>{{Cite book|last=Prasetyo,B. E., dkk.|date=2015|url=https://www.esdm.go.id/assets/media/content/KEI-Dampak_Pembangunan_Smelter_di_Kawasan_Ekonomi_Khusus_(Studi_Kasus_Provinsi_Sulawesi_Tenggara).pdf|title=Dampak Pembangunan Smelter di Kawasan Ekonomi Khusus Provinsi Sulawesi Tenggara|location=Jakarta|publisher=Pusat Data dan Teknologi Informasi, Kementerian Energi dan Sumber Daya Mineral|isbn=978-602-0836-13-3|pages=9|url-status=live|access-date=2023-05-26|archive-date=2023-08-14|archive-url=https://web.archive.org/web/20230814145359/https://www.esdm.go.id/assets/media/content/KEI-Dampak_Pembangunan_Smelter_di_Kawasan_Ekonomi_Khusus_(Studi_Kasus_Provinsi_Sulawesi_Tenggara).pdf|dead-url=no}}</ref> Perubahan status ini ditetapkan pada tanggal 18 Desember 2003. Wakatobi resmi ditetapkan sebagai salah satu kabupaten pemekaran di Sulawesi Tenggara berdasarkan Undang-Undang Nomor 29 tahun 2003 tentang pembentukan [[Kabupaten Bombana]], Kabupaten Wakatobi dan [[Kabupaten Kolaka Utara]]. Saat pertama kali terbentuk Wakatobi hanya terdiri dari lima kecamatan yaitu [[Wangi-wangi, Wakatobi|Kecamatan Wangi-wangi]], [[Wangi Selatan, Wakatobi|Kecamatan Wangi Selatan]], [[Kaledupa, Wakatobi|Kecamatan Kaledupa]], [[Tomia, Wakatobi|Kecamatan Tomia]] dan [[Binongko, Wakatobi|Kecamatan Binongko]].
Pada tahun 2005, melalui [[Peraturan Daerah]] Kabupaten Wakatobi Nomor 19 Tahun 2005 dibentuk [[Kaledupa Selatan, Wakatobi|Kecamatan Kaledupa Selatan]] dan melalui Peraturan Daerah Kabupaten Wakatobi Nomor 20 Tahun 2005 dibentuk [[Tomia Timur, Wakatobi|Kecamatan Tomia Timur]]. Pada tahun 2007, melalui Peraturan Daerah Kabupaten Wakatobi Nomor 41 Tahun 2007 dibentuk [[Togo Binongko, Wakatobi|Kecamatan Togo Binongko]] sehingga jumlah kecamatan di Kabupaten Wakatobi menjadi 8 [[kecamatan]] yang terbagi menjadi 100 desa dan kelurahan (25 [[kelurahan]] dan 75 [[desa]]).
