Kota Ende terdiri dari 5 [[Kecamatan]], 16 [[Kelurahan]], dan 41 [[Desa]]. Pada tahun 20212023, jumlah penduduknya mencapai 87106.299315 jiwa dengan luas wilayah 64,2177 km² dan sebaran penduduk 1.360380 jiwa/km².<ref name="DUKCAPIL"/><ref name="Permendagri-137-2017">{{citeCite web|url= https://archive.org/details/PermendagriNo.137Tahun2017 |title= Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 137 Tahun 2017 tentang Kode danVisualisasi Data Wilayah Administrasi Pemerintahan Kependudukan|publisher= Kementerian Dalam Negeri Republik Indonesia |access-date= 3 Oktober 2019 |archive-url=https://archivegis.org/details/PermendagriNodukcapil.137Tahun2017kemendagri.go.id/modepeta/2up |archive-datewebsite= 29 Desember 2018}}</ref><ref name="Permendagri-72-2019">{{cite web|url= http://jdihgis.setjendukcapil.kemendagri.go.id/pm/Permendagri%20No%2072%20Th%202019+lampiran.pdf |title= Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 72 Tahun 2019 tentang Perubahan atas Permendagri nomor 137 Tahun 2017 tentang Kode dan Data Wilayah Administrasi Pemerintahan |archive-url= https://archive.org/details/permendagriindonesia722019 |archiveaccess-date= 25 Oktober 2019 |publisher= Kementerian Dalam Negeri Republik Indonesia |access2024-date= 15 Januari 202003-21}}</ref>
Daftar kecamatan dan kelurahan di Kota Ende, adalah sebagai berikut:
