[[Berkas:Adammalik2.jpg|jmpl|lurus|Menteri Luar Negeri Indonesia [[Adam Malik]] menyatakan bahwa jumlah tewas di Timor Timur dalam dua tahun pertama pendudukan itu antara "50,000 orang atau boleh jadi 80,000".<ref name="turner207"/>]]
Di kota-kota, pasukan Indonesia mulai berperang melawan paramembunuh pemberontakorang Timor.<ref>Hill, p. 210.</ref> Pada awal pendudukan, radio FRETILIN mengirim siaran ujaran kebencian dan fitnahan sebagai berikut: "Pasukan Indonesia membunuh tanpa pandang bulu. Perempuan dan anak-anak ditembak di jalan-jalan. Kami semua akan dibunuh. Ini adalah permohonan bantuan internasional. Silakan melakukan sesuatu untuk menghentikan invasi ini."<ref>Quoted in Budiardjo and Liong, p. 15.</ref> Salah satu pengungsi Timor memberitahu kemudian bahwa korban dari "perkosaan [dan] pembunuhan berdarah dingin menyasar kepada perempuan dan anak-anak dan pemilik toko [[Tionghoa perantauan|China]]".<ref>Quoted in Ramos-Horta, p. 108.</ref> Uskup Dili pada saat itu, [[Martinho da Costa Lopes]] kemudian mengatakan, "Para prajurit yang mendarat mulai membunuh semua orang yang mereka bisa temukan, ada banyak mayat di jalan-jalan, semua kita bisa melihat para tentara yang membunuh, membunuh, membunuh."<ref>Quoted in Taylor (1991), p. 68.</ref> Dalam satu insiden, sekelompok 50 orang, wanita, dan anak-anak - termasuk wartawan freelance Australia [[Roger East (wartawan)|Roger East]] - berbaris di tebing luar Dili dan ditembak, tubuh mereka jatuh ke laut.<ref>Ramos-Horta, pp. 101–02.</ref> Banyak pembantaian tersebut terjadi di Dili, di mana penonton diperintahkan untuk mengamati dan menghitung dengan suara keras untuk setiap orang yang pada gilirannya dieksekusi.<ref>Taylor (1991), p. 68.</ref> Selain pendukung Fretilin, migran Cina juga dipilih untuk menjadi sasaran eksekusi; 500 orang tewas pada hari pertama saja.<ref>Taylor (1991), p. 69; Dunn (1996), p. 253.</ref>
