Pada masa setelah kemerdekaan, yaitu setelah pengakuan kedaulatan Indonesia, terjadi upaya pemisahan secara lebih tegas antara pemerintahan kota dengan kabupaten di Bogor, terlebih setelah peleburan [[Cibarusah, Bekasi|Kawedanan TjibaroesaJonggol]] pada 1938 (kemudian dibubarkan total pada tahun 1963 berdasarkan berdasarkan [[Peraturan Presiden (Indonesia)|Peraturan Presiden]] Nomor 22 Tahun 1963)<ref>{{Cite web|title=PERPRES No. 22 Tahun 1963 tentang Penghapusan Keresidenan dan Kewedanaan [JDIH BPK RI]|url=https://peraturan.bpk.go.id/Home/Details/42456/perpres-no-22-tahun-1963|website=peraturan.bpk.go.id|access-date=2022-05-24|archive-date=2022-06-02|archive-url=https://web.archive.org/web/20220602040957/https://peraturan.bpk.go.id/Home/Details/42456/perpres-no-22-tahun-1963|dead-url=no}}</ref> menjadi otonomi dibawah kabupaten, membuat nomenklatur Kota Bogor berubah namanya menjadi Kota Besar Bogor yang dibentuk berdasarakan Udang-undang Nomor 16 Tahun 1950.<ref>{{Cite web|title=Perjalanan Kota Bogor dulu hingga kini|url=https://koran-jakarta.com/perjalanan-kota-bogor-dulu-hingga-kini-menjadi-penyanggah-ibu-kota-negara|website=koran-jakarta.com|access-date=2022-09-30|archive-date=2022-09-30|archive-url=https://web.archive.org/web/20220930162554/https://koran-jakarta.com/perjalanan-kota-bogor-dulu-hingga-kini-menjadi-penyanggah-ibu-kota-negara|dead-url=no}}</ref>
Selanjutnya pada tahun 1957 nama pemerintahan berubah menjadi Kota Praja Bogor, sesuai dengan Undang-undang Nomor. 1 Tahun 1957, kemudian dengan Undang-undang Nomor 18 tahun 1965 dan Undang-undang No. 5 Tahun 1974 berubah kembali menjadi Kotamadya Daerah Tingkat II Bogor.
