Penguin Afrika hanya ditemukan di pantai barat daya Afrika, hidup berkoloni di 24 pulau antara Namibia dan [[Teluk Algoa]], dekat [[Port Elizabeth, Afrika Selatan|Port Elizabeth]], Afrika Selatan.<ref name=IUCN/> Ini adalah satu-satunya spesies penguin yang berkembang biak di Afrika dan kehadirannya memberi nama pada [[Kepulauan Penguin]].
Dua koloni didirikan oleh penguin pada tahun 1980-an di daratan dekat [[Cape Town]], yaitu Pantai Boulders dekat [[Simon's Town]] dan Stony Point di Teluk Betty's Bay. Koloni di daratan kemungkinan besar baru bisa terbentuk belakangan ini karena berkurangnya jumlah predator, meskipun koloni Teluk Betty telah diserang oleh [[macan tutul]].<ref name="Betty's Bay">{{cite web|url=http://www.bettysbay.info/index.php?option=com_content&view=article&id=24&Itemid=26|title=The African Penguin|publisher=Bettysbay|date=2010-04-08|access-date=2012-03-30|url-status=dead|archive-url=https://web.archive.org/web/20120530051910/http://www.bettysbay.info/index.php?option=com_content&view=article&id=24&Itemid=26|archive-date=2012-05-30}}</ref><ref name="Cape Nature">{{cite web|url=http://www.capenature.co.za/%E2%80%8Bcapenature-increases-%E2%80%8B%E2%80%8Bprotection-predators-stony-point/|title=CapeNature increases protection from predators at Stony Point|publisher=CapeNature|access-date=2020-07-06|archive-date=2018-08-07|archive-url=https://web.archive.org/web/20180807094902/https://www.capenature.co.za/%e2%80%8bcapenature-increases-%e2%80%8b%e2%80%8bprotection-predators-stony-point/|url-status=dead}}</ref> Satu-satunya koloni daratan lainnya ada di Namibia, namun tidak diketahui kapan koloni tersebut didirikan.<ref name="SANParks">{{cite web|url=http://www.sanparks.org/parks/table_mountain/tourism/attractions.php#boulders|title=Table Mountain National Park|publisher=SANParks|access-date=2012-03-30}}</ref><ref name="GoAfrica">{{cite web|url=http://goafrica.about.com/od/capetownatravelguide/a/bouldersbeach.htm|title=Boulders Beach, Swimming with Penguins – Swimming with Penguins in South Africa|publisher=Goafrica|date=2010-06-14|access-date=2012-03-30|archive-date=2013-12-03|archive-url=https://web.archive.org/web/20131203045011/http://goafrica.about.com/od/capetownatravelguide/a/bouldersbeach.htm|url-status=dead}}</ref>
