Gedung gereja Kernolong pertama dibangun pada tahun 1931, dan diresmikan pada tahun 1932, pada gambargedung keduagereja, terdapat plakat yang mencantumkan tanggal peletakkan batu pertama HKBP Kernolong, dalam rangka perayaan 100 tahun gerejaHKBP Kernolong. Gedung yang sekarang berdiri bukanlah gedung perdana, melainkan buah dari renovasi, terutama dikarenakan keperluan untuk memperluas bangunan gereja karena jumlah anggota jemaat yang bertambah banyak. Kaca patri gerejaHKBP Kernolong juga memiliki keunikan, mendepiksikan pola ulos Batak.<ref>{Heuken, A. SJ, Tobing, M., Sitompul, H. R., & Sitepu, R. P. (2009). Gereja-gereja bersejarah di Jakarta. Jakarta: Erlangga.</ref>
