* [[1988]] – [[1990]]: M.Sc.- Physics [[:en:College of William & Mary|College of William and Mary]], [[Amerika Serikat]]
* [[1990]] – [[1994]]: Ph.D. - Physics [[:en:College of William & Mary|College of William and Mary]], [[Amerika Serikat]]
Selepas dari SMA 12, Ia mulai memperdalam [[fisika]] pada jurusan Fisika MIPA [[Universitas Indonesia]] hingga tahun [[1986]] dan mengajar di [[Badan Pendidikan Kristen PENABUR|SMAK I Penabur]] [[Jakarta]] hingga tahun [[1988]]. Selanjutnya dengan didorong oleh Para dosen pembimbingnya, ia menempuh program master dan doktornya di [[College of William and Mary]], [[Virginia]], [[Amerika Serikat]]. Program masternya diselesaikan pada tahun [[1990]] dan program doktornya pada tahun [[1994]] dengan predikat [[cum laude]]. Selepas mendapatkan gelar Ph.D., Ia sempat menjadi Consultant of Theoretical Physics di TJNAF/CEBAF (Continous Electron Beam Accelerator Facility) [[Virginia]] – [[Amerika Serikat]] ([[1994]]). Walaupun sudah punya Greencard (izin tinggal dan bekerja di Amerika Serikat), Yohanes Surya akhirnya pulang ke [[Indonesia]] dengan tujuan ingin mengharumkan nama Indonesia melalui olimpiade fisika (semboyannya waktu itu adalah “Go Get Gold”) serta mengembangkan fisika dan ilmu sains di Indonesia.
