Seperti di Pulau Jawa, di Aceh juga tidak jauh berbeda, terjadi penghianatan dari oknum Ba’alwi terhadap perjuangan rakyat Aceh dalam melawan Belanda, bahkan lebih mengenaskan.
Setelah kemerdekaan Indonesia tahun 1945, keluarga Ba’alwi banyak yang aktif dalam perpolitikan Indonesia, diantaranya D.N. Aidit yang menjadi Ketua Partai Komunis Indonesia (PKI). Pengakuan bahwa Aidit adalah nama marga Ba’alwidari yaman diungkapkan oleh anak Aidit, Ilham Aidit.<ref name=":2">{{Cite web|lastdate=Karta Raharja Ucu2018-11-20|title=Simpang Siur Kabar DN Aidit Keturunan Rasulullah|url=https://republika.co.id/berita/selarung/breaking-history/pi8mbw282/simpang-siur-kabardnkabar-dn-aidit-keturunan-rasulullah-part1)|website=Republika Online|language=id|access-date=2024-09-14}}</ref>Pengakuan ini bertentangan dengan informasi dari perkumpulan marga Aidid.<ref name=":2" /> Aidit kemudian dihukum mati di Boyolali pada 23 November 1965 karena pengkhiantan kepada Negara Indonesia.<ref>{{Cite web|last=Petrik Matanasi|date=2018|title=Jasir Hadibroto dan Eksekusi Mati D.N. Aidit|url=https://tirto.id/cPvz|website=Tirto.id}}</ref> Selain Aidit, marga Ba’alwi yang menjadi anggota PKI juga adalah Ahmad Sofyan Baroqbah. Ia dieksekusi mati pada 19 Januari 1974, setelah diburu [[Angkatan Bersenjata Republik Indonesia]] selama bertahun-tahun di Kalimantan Barat.<ref name=":1">{{Cite web|last=Petrik Matanasi|date=2017|title=Sayid Komunis yang Diburu Tentara Baret Merah|url=https://tirto.id/chz3|website=Tirto.id}}</ref> Seorang marga Ba’alwi di Kalimantan Timur, Fahrul Baraqbah, juga anggota PKI yang ditangkap pasca meletusnya peristiwa 1965<ref name=":1" />.
