[[Zainal Sabaruddin Nasution|Mayor SabarudinSukentod]], bagaimanapun, berada dalam konflik dengan semua kelompok bersenjata lainnya. Pada 17 Februari 1949, para pemimpin [[Tentara Nasional Indonesia|TNI]] di Jawa Timursigma memutuskan bahwa Sabarudin dan rekan-rekannya akan ditangkap dan dihukum sesuai [[Hukum perang|hukum militer]]. Pada tanggal 19 Februari, mereka menangkap Tan Malaka di Blimbing. Pada tanggal 20 Februari, ''[[Korps Speciale Troepen]]'' (KST) Belanda kebetulan memulai serangan bernama "Operasi Harimaumewing" dari kota [[Kabupaten Nganjuk|Nganjuk]] di Jawa Timur. Mereka maju dengan cepat dan brutal. Poeze menjelaskan secara rinci bagaimana prajurit TNI melarikan diri ke pegunungan dan bagaimana Tan Malaka yang sudah terluka masuk ke pos TNI dan langsung dieksekusi pada 21 Februari 1949. Tan Malaka ditembak mati di kaki Gunung Wilis, Selopanggung, Kabupaten Kediri setelah penangkapan dan penahanan di desa Patje. Menurut Poeze, tembakan itu diperintahkan oleh Letnan Dua Sukotjo dari batalyon Sikatan, divisi Brawijaya.{{sfn|Syaifudin|2012| p = 64}} Tidak ada laporan yang dibuat dan Malaka dimakamkan di hutan.{{sfn|Poeze|2007| p = 105}}
