Sisingamangaraja XII tewas pada 17 Juni 1907 saat disergap oleh sekelompokempat anggota [[Korps Marechaussee te Voet|Korps Marsose]], sebuah pasukan khususelite kontra-gerilya Belanda. Penyergapan tersebut dipimpin oleh [[Hans Christoffel]] di kawasan Sungai [[Aek Sibulbulon]], di suatu desa bernama [[Parlilitan, Humbang Hasundutan|Si Onom Hudon]], di perbatasan [[Kabupaten Humbang Hasundutan|Humbang]] dengan [[Kabupaten Dairi|Dairi]].<ref name="Sidjabat">Sidjabat, Bonar W. Prof. Dr. (2007), ''Aku Sisingamangaraja'', Jakarta: Pustaka Sinar Harapan, ISBN 979-416-896-7.</ref> Sisingamangaraja XII menghadapi pasukan Korps Marsose sambil memegang senjata [[Piso Gaja Dompak]]. KopralJohannes SouhokaRotikan, seorang penembak jituprajurit pasukan Marsose asal Minahasa, mendaratkan tembakan keyang kepalamenewaskan SisingamangarajaSi Singamangaraja XII tepat di bawah telinganya.<ref>{{Cite web|last=OkezoneKlein-Nagelvoort|first=J.|date=2020-06-172017|title=Saat'Hoe Pelurustierf Marsosede Menembuslaatste SisingamangarajaBatakkoning?'. XIIGeschiedenis yangMagazine TerkenalNr. Kebal1, Senjatahlm. : Okezone Nasional52–54.|url=https://nasional.okezonerozenbergquarterly.com/read/2020/06/17/337/2231468/saatde-pelurumysterieuze-marsosedood-menembusvan-sisingamangarajaeen-xii-yang-terkenal-kebal-senjatapriestervorst/|website=OkezoneRozenberg Quarterly|language=idnl-IDNL|access-date=20212024-0311-1914}}</ref> Menjelang nafas terakhir, ia tetap berucap, "''Ahu Sisingamangaraja''" (bahasa [[Bahasa Indonesia|Indonesia]]: "Aku Sisingamangaraja"). Turut gugur bersamanya adalah kedua putranya, Patuan Nagari Sinambela dan Patuan Anggi Sinambela, serta putrinya, Lopian br. Sinambela. Sementara keluarganya yang tersisa ditawan di [[Tarutung, Tapanuli Utara|Tarutung]]. Sisingamangaraja XII kemudian dikebumikan oleh Belanda secara militer pada 22 Juni 1907 di [[Silindung]], setelah sebelumnya mayatnya diarak dan dipertontonkan kepada masyarakat [[Kabupaten Dairi|Dairi]].{{Butuh rujukan}} Makamnya kemudian dipindahkan ke Makam Pahlawan Nasional di [[Balige, Toba|Soposurung, Balige]] sejak 14 Juni 1953, yang dibangun oleh pemerintah, msyarakat, dan keluarga.{{Butuh rujukan}}
