Fransiskus Nipa ditahbiskan menjadisebagai [[imam diosesan]] Keuskupan Agung Ujung Pandang pada tanggal 3 Juli 1990 oleh Mgr. [[Franciscus van Roessel]], [[C.I.C.M.]], di Gereja Santo Yoseph Pekerja, Gotong-Gotong. Tugas perdana yang ia terimaemban sebagai imam ialahadalah menjadi pastor rekan di Gereja Santo Fransiskus, Paroki Messawa, [[Kabupaten Mamasa|Mamasa]]. Pada tahun 1995, ia ditugaskan menjadisebagai Pastor Kepala Gereja Santo YosepJoseph di [[Polewali Mandar]]. HalTugas tersebut ia jalanidijalankannya hingga tahun 1997, saatketika ia diangkat menjadi Pastor Vikaris Gereja Maria Ratu Rosari, Kare, [[Makassar]].<ref>{{Cite web|url=https://www.mirifica.net/pastor-fransiskus-nipa-uskup-agung-koajutor-terpilih-keuskupan-agung-makassar/|title=Pastor Fransiskus Nipa, Uskup Agung Koajutor Terpilih Keuskupan Agung Makassar|date=21 Oktober 2023|accessdate=12 November 2024|website=Mirifica.net}}</ref>
Pada periode 1998–2000, Pastor Frans menjalani studi dalam bidang hukum kanonik di [[Universitas Kepausan Urbaniana]], Roma. Sekembalinya dari Roma, ia menjadimenjabat sebagai Direktur Seminari Tahun Orientasi Rohani Santo Yohanes Maria Vianney yang iaterletak jalanidi [[Sangalla, Tana Toraja]], sejak tahun 2000 hingga 2002. IaSelain jugaitu, ia bertugas dalamdi Tribunal Keuskupan Agung Makassar, baikpertama sebagai ''[[Defensor Matrimonii|defensor vinculi]]'' (pada tahun 2000), maupunkemudian sebagai hakim tribunal (sejak tahun 2005). Pastor Frans juga mengajar di Sekolah Tinggi Kateketik dan Pastoral Rantepao sejak tahun 2002. Dalam periode tahun 2002 hingga 2013, Pastor Frans merupakan Sekretaris Keuskupan Agung Makassar.
Pada tahun 2006, Pastor Frans ditunjuk menjadisebagai Vikaris Yudisial Keuskupan Agung Makassar. Pada tahun 2013, ia jugamulai bertugas menjadisebagai Pastor Vikaris [[Katedral Makassar]]. dan sejakSejak September 2022, ia menjadimenjabat pastorsebagai Pastor kepalaKepala di gereja tersebut.
