Pada 12 April 1980, Thomas menikahi Lucia Mayo, gadis yang menjadi pesaingnya di sekolah<ref name="Pemkab124"/>. Mereka menyelenggarakan pemberkatan pernikahan di Gereja Kristus Raja, Barong Tongkok. Dari pernikahannya, lahir dua orang putra bernama Alexander Edmond (lahir 1982) dan Frederick Edwin (lahir 1985). Pasangan tersebut juga mengangkat seorang anak perempuan bernama Siti Nurhaliza. Pada tahun 2024, Kedua putranya maju bersaing dalam pilkada Kutai Barat 2024 yakni Frederick Edwin sebagai calon bupati didampingi bersama Nanang Adriani sebagai calon wakil bupati (Plt Kepala Dinas Pertanian Kutai dan Camat berprestasi se-Kaltim pada 2012) diusung PDIP-Gerindra-Nasdem-PKB-PAN-PKS beserta partai non parlemen seperti PSI-PPP-PBB-Partai Buruh<ref>{{Cite web|last=Swarakaltim|first=Redaksi|date=2024-08-28|title=Resmi Mendaftar ke KPU, Frederick Edwin Optimis Juara di Pilkada Kubar|url=https://swarakaltim.com/2024/08/28/resmi-mendaftar-ke-kpu-frederick-edwin-optimis-juara-di-pilkada-kubar/|website=Swarakaltim.com|language=id|access-date=2024-11-24}}</ref> serta Alexander Edmond sebagai calon wakil bupati bersama Sahadi calon bupati (Asisten III Pemerintah Kutai Barat) diusung oleh Hanura-Perindo-PKN <ref>{{Cite web|last=Swarakaltim|first=Redaksi|date=2024-08-28|title=Resmi Mendaftar ke KPU, Frederick Edwin Optimis Juara di Pilkada Kubar|url=https://swarakaltim.com/2024/08/28/resmi-mendaftar-ke-kpu-frederick-edwin-optimis-juara-di-pilkada-kubar/|website=Swarakaltim.com|language=id|access-date=2024-11-24}}</ref>
