Latanoprost diserap dengan baik melalui kornea. Sebagai obat pendahulu ester, obat ini terhidrolisis sepenuhnya menjadi asam latanoprost aktif setelah diserap dan menjadi aktif secara biologis.[2]<ref name="Xalatan FDA label" /> Konsentrasi asam tertinggi dalam humor''[[beranda akuosdepan (mata)|aqueous humor]]'' dicapai dua jam setelah aplikasi, penurunan tekanan intraokular dimulai setelah 3 hingga 4 jam, dengan efek tertinggi ditemukan setelah 8 hingga 12 jam, dan efeknya masih ada setidaknya selama 24 jam. Ketika asam latanoprost mencapai sirkulasi, ia dengan cepat dimetabolisme di hati oleh oksidasi beta asam lemak menjadi asam 1,2-dinor- dan 1,2,3,4-tetranor-latanoprost; waktu paruh plasma darah hanya 17 menit. Metabolit sebagian besar diekskresikan melalui ginjal, dengan 88% dari dosis topikal dan 98% dari dosis intravena masing-masing ditemukan dalam urin.[14][15]<ref name="PPA" /><ref name="AC" />
Jalur aktivasi dan deaktivasi analog dengan jalur [[tafluprost]] (setidaknya hingga metabolit tetranor);[15]<ref bandingkanname="AC" Tafluprost#Farmakokinetik./>
Metabolisme[[File:Latanoprost metabolism.svg|thumb|left|upright=3|'''Metabolism'''. Dari kiri ke kanan: latanoprost, asam latanoprost (metabolit aktif), asam 1,2-dinorlatanoprost, asam 1,2,3,4-tetranorlatanoprost[15<ref name="AC" />]]
