Profesi utamanya adalah dosen di Fakultas Ekonomi UGM ([[1959]]-[[2003]]). Salah satu jabatan penting di dalam karirnyakariernya bersama UGM adalah pada saat menjabat sebagai Kepala Pusat Penelitian Pembangunan Pedesaan dan Kawasan (P3PK) UGM tahun [[1983]]-[[1994]]. Selama dipimpin oleh Mubyarto, P3PK secara intensif melakukan berbagai penelitian di bidang perdesaan dengan bekerjasama dengan pemerintah daerah di seluruh Indonesia. Kemudian pada periode tahun [[1987]]-[[1999]], ia menjadi anggota [[MPR]]. Sejak tahun [[2002]], dia adalah Kepala Pusat Studi Ekonomi Pancasila (Pustep) UGM sampai kemudian meninggal pada tahun 2005. Pustep didirikan oleh UGM dibawah pimpinan Rektor [[Sofyan Effendi]], untuk mendalami dan mengembangkan konsep Ekonomi Pancasila yang telah ramai menjadi bahan diskusi utama ekonomi Indonesia sejak tahun 1980.
Sebagai birokrat, Mubyarto pernah menjabat sebagai Penasehat Menteri Perdagangan pada tahun [[1968]]-[[1971]], Asisten Kepala Badan Perencanaan Pembangunan Nasional/Bappenas [[1993-1998]], dan Staf Ahli Menteri Koordinator Bidang Perekonomian, Keuangan, dan Industri pada tahun yang sama.
