Mitokondria memiliki [[DNA]] tersendiri, yang dikenal sebagai [[DNA mitokondria|mtDNA]] (Ing. ''mitochondrial DNA''). MtDNA berpilin ganda, sirkular, dan tidak terlindungi membran (prokariotik). Karena memiliki ciri seperti DNA [[bakteri]], berkembang teori yang cukup luas dianut, yang menyatakan bahwa mitokondria dulunya merupakan makhluk hidup independen yang kemudian ber[[simbiosis]] dengan organisme [[eukariotik]].
