Amplifikasi Acak Polimorfisme DNA: Perbedaan antara revisi

Metode RAPD memberikan kemudahan mereplikasi DNA yang tidak diketahui sekuensnya dan dalam [[konsentrasi]] yang kecil (nanogram) dengan primer-primer yang bersifat tidak tentu (''arbitrary primers'').<ref name=bardakci/> Teknik RAPD yang umum dipakai memerlukan [[oligonukleotida]] [[sintesis]] pendek, berukuran sekitar 10 basa dari sekuens acak.<ref name=bardakci/> Primer ini biasanya telah disiapkan dalam bentuk kit untuk analisis RAPD.<ref name=bardakci/> Jika primer yang dipakai berukuran kurang dari 10 basa maka lebih cocok digunakan untuk menampilkan riwayat sidik jari [[DNA]] yang lebih kompleks (bidang forensik) dengan situs penempelan primer pada sekuens DNA yang lebih banyak.<ref name=bardakci/> Perlu diperhatikan bahwa panjang primer menjadi faktor penentu berhasil tidaknya [[replikasi]]. Primer spesifik yang [[ideal]] berukuran tidak lebih panjang dari 15 bp.<ref name=bardakci>{{en}} Bardakci V. 2001. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers. ''Turk J Biol'' 25:185-96.</ref>

Primer yang panjang akan menyebabkan peluang [[komplemen]] dengan utas DNA semakin kecil, bahkan nihil.<ref name=cha>{{en}} Chantler P. 2004. Recombinant DNA. [terhubung berkala]. http://www.rvc.ac.uk/review/DNA_1/5_RAPD.cfm [4 Mei 2009]. </ref>

Setelah dilakukan sintesis primer, tahapan selanjutnya adalah mereaksikan RAPD dalam DNA thermal cycler, yaitu suatu perangkat PCR untuk menaikkan dan menurunkan suhu dengan cepat.<ref name=nuc/> Reaksi ini bertujuan untuk mengamplifikasi (mereplikasi) fragmen-fragmen DNA (amplikon) dengan riwayat khusus. Amplifikasi ini meliputi 3 tahapan besar, yakni tahap denaturasi DNA 96^oC selama 1 menit, tahap penempelan (annealing) 40^oC selama 1 menit, dan tahap pemanjangan (ekstensi) 72^oC selama 2 menit.<ref name=nuc/> Saat annealing, homologi sekuens antara primer dan utas DNA turut berperan menentukan keberhasilan reaksi.<ref name=nuc/> Tahapan-tahapan yang ada akan berulang sebanyak 40 siklus hingga diperoleh sejumlah [[produk]] amplikon yang memiliki sekuens acak.<ref name=nuc>{{en}} Nuchprayoon S, Junpee A, Poovorawan Y. 2007. Random amplified polymorphic DNA (RAPD) for differentiation between Thai and Myanmar strains of Wuchereria bancrofti. ''Filaria J'' 6:6.</ref>

Adanya [[variasi]] urutan nukleotida yang diakibatkan insersi atau delesi pada beberapa lokus gen nantinya akan dianggap sebagai polimorfisme yang menjadi penanda diversitas genetik suatu galur (breed).<ref name=cha/> Hal ini dapat dilihat setelah divisualisasikan dengan [[elektroforesis]] gel agarosa.<ref name=cha/> Keberadaan profil DNA unik antar lokus gen akan terlihat berupa pita terang setelah pewarnaan gel dengan EtBr yang dilihat di bawah pendaran sinar UV.<ref name=bardakci/>