Amplifikasi Acak Polimorfisme DNA: Perbedaan antara revisi

'''Amplifikasi Acak Polimorfisme DNA''' merupakan satu jenis [[penanda genetik|penanda molekular]] yang banyak dipakai dalam [[penelitian]] dan diagnostik [[biologi molekular]]. Penanda ini lebih dikenal sebagai '''RAPD''' (biasa dipanggil ''rapid''), singkatan dari '''''Random Amplification of Polymorphic DNA'''''.<ref name=rvc>{{en}} [RVC]. 2004. Random Amplification of Polymorphic DNA (RAPD). [terhubung berkala] http://www.rvc.ac.uk/review/dna_1/5_RAPD.cfm [15 Mei 2010].</ref> Sebagai penanda [[genetik]], RAPD dikenal sebagai penanda yang [[relatif]] murah dan tidak memerlukan [[keterampilan]] teknis yang tinggi.<ref name=rvc/> Penanda ini bersifat ''[[tindak genetik|dominan]]'', dalam arti, ia dapat membedakan kelas [[genotipe]] [[tindak genetik|resesif]] dari kelas-kelas genotipe yang lain.<ref name=rvc/> RAPD memerlukan teknik [[PCR]] dan [[elektroforesis gel]] dalam penerapannya.<ref name=mac>{{en}} Macgowan AP. 1993. DNA (RAPD) analysis. [terhubungberkala] http://jmm.sgmjournals.org/cgi/reprint/38/5/322.pdf [15 Mei 2010].</ref> Kelemahan RAPD yang sangat dikenal adalah dapat memberikan hasil yang berbeda-beda apabila diulang, sehingga dianggap kurang handal (''reliable''), khususnya bagi keperluan [[diagnostik]], seperti [[sidik jari DNA]].<ref name=mac/>

 

RAPD memerlukan pasangan [[primer]], biasanya berukuran antara 8-mer hingga 12-mer (lihat [[oligo]]), karena menggunakan teknik PCR. Setiap [[pasangan]] primer akan menghasilkan sejumlah pita (''band'') yang akan tampak pada hasil elektroforesis gel.<ref name=mbw>{{en}} Mbwana J, ''et al''. 2006. Molecular characterization of Haemophilus ducreyi isolates from different geographical locations. ''J Clin Microbiol'' 44(1):132-7</ref> Pasangan [[primer (genetika)|primer]] yang dipilih (bisa sudah diketahui atau dipilih beberapa secara acak) diberikan pada sampel-sampel [[DNA]] (disebut '' DNA templat'') yang sudah dipersiapkan, selanjutnya PCR dijalankan.<ref name=wil/> Sewaktu proses PCR, primer akan menempel pada urutan-urutan basa yang komplemen pada DNA templat.<ref name=wil/> Di akhir PCR akan terdapat sejumlah besar fragmen-fragmen pendek DNA hasil amplifikasi.<ref name=wil/> Apabila terdapat [[delesi]] untuk suatu lokasi templat, akan terjadi [[polimorfisme]].<ref name=wil/> Dengan elektroforesis gel, akan terlihat pita yang terputus-putus apabila terdapat polimorfisme (oleh karena itu bersifat dominan).<ref name=wil>{{en}} Williams JG, ''et al''. 1990. DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. ''Nucleic Acids Res'' 18(22):6531-5.</ref>

 

Metode RAPD memberikan kemudahan mereplikasi DNA yang tidak diketahui sekuensnya dan dalam [[konsentrasi]] yang kecil (nanogram) dengan primer-primer yang bersifat tidak tentu (''arbitrary primers'').<ref name=bardakci/> Teknik RAPD yang umum dipakai memerlukan [[oligonukleotida]] [[sintesis]] pendek, berukuran sekitar 10 basa dari sekuens acak.<ref name=bardakci/> Primer ini biasanya telah disiapkan dalam bentuk kit untuk analisis RAPD.<ref name=bardakci/> Jika primer yang dipakai berukuran kurang dari 10 basa maka lebih cocok digunakan untuk menampilkan riwayat sidik jari [[DNA]] yang lebih kompleks (bidang forensik) dengan situs penempelan primer pada sekuens DNA yang lebih banyak.<ref name=bardakci/> Perlu diperhatikan bahwa panjang primer menjadi faktor penentu berhasil tidaknya [[replikasi]]. Primer spesifik yang [[ideal]] berukuran tidak lebih panjang dari 15 bp.<ref name=bardakci>{{en}} Bardakci V. 2001. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers. ''Turk J Biol'' 25:185-96.</ref>

Primer yang panjang akan menyebabkan peluang [[komplemen]] dengan utas DNA semakin kecil, bahkan nihil.<ref name=cha>{{en}} Chantler P. 2004. Recombinant DNA. [terhubung berkala]. http://www.rvc.ac.uk/review/DNA_1/5_RAPD.cfm [4 Mei 2009]. </ref>

* [[AFLP]]

 

{{reflist}}