Film ini adalah film pertama yang tidak berhubungan dengan serial-serial anime di TV sebelumnya dan dibuadibuat dalam bentuk animasi [[grafik komputer]]. Yggdrasil yang menjadi pemimpin dunia digital yang melaksanakan Project Ark untuk memusnahkan semua Digimon untuk menciptakan dunia yang baru karena telah penuhnya dunia digital. Hanya digimon tertentu saja yang diizinkan untuk tetap hidup di dunia baru tersebut. Tetapi ada sekelompok Digimon yang memakai X-Antibody pada tubuhnya sehingga kebal terhadap program itu. Maka, Yggdrasil mengutus Royal Knights untuk menghabisi mereka. Tokoh utama adalah Dorumon yang menggunakan X-Antibody untuk dapat bertahan hidup.
