RAPD memerlukan pasangan [[primer]], biasanya berukuran antara 108-mer hingga 2012-mer (lihat [[oligo]]), karena menggunakan teknik PCR. Setiap pasangan primer akan menghasilkan sejumlah pita (''band'') yang akan tampak pada hasil elektroforesis gel. Pasangan [[primer (genetika)|primer]] yang dipilih (bisa sudah diketahui atau dipilih beberapa secara acak) diberikan pada sampel-sampel [[DNA]] (disebut '' DNA templat'') yang sudah dipersiapkan. Selanjutnya PCR dijalankan. DalamSewaktu proses PCR, primer akan menempel pada urutan-urutan basa yang komplemen pada DNA templat. Di akhir PCR akan terdapat sejumlah besar fragmen-fragmen pendek DNA hasil amplifikasi. Apabila terdapat [[delesi]] untuk suatu lokasi templat, akan terjadi polimorfisme. Dengan elektroforesis gel, akan terlihat pita yang terputus-putus apabila terdapat polimorfisme (oleh karena itu bersifat dominan).
Berkas DNA hasil RAPD berukuran besar sehingga elektroforesis gel [[agarosa]] yang bisa digunakan, sedangkan [[PAGE]] terlalu sensitif.
