Ayahnya Ron Lilipaly merupakan orang Indonesia, sementara ibunya Adriana adalah warga negara Belanda. Stefano sudah mulai bermain sepak bola sejak umur 7 tahun di klub amatir DCG. Dia sempat pindah ke tim junior [[AZ Alkmaar]] sebelum bergabung dengan tim junior FC Utrecht.<ref name=profil/>